研讨职员从鲇与年夜口鲇杂交子一代的基因组中胜利组装高质量的双亲基因组

起源：中国水产迷信研讨院珠江所 2021-08-26 08:37

近日，珠江水产研讨所珠江渔业资本查询拜访与评价立异团队在杂交子一代基因组相关研讨方面取得新停顿，相关研讨论文“Sequencing an F1 hybrid ofSilurus asotusandS. meridionalisenabled the assembly of high-quality parental genom

近日，珠江水产研讨所珠江渔业资本查询拜访与评价立异团队在杂交子一代基因组相关研讨方面取得新停顿，相关研讨论文“Sequencing an F1 hybrid ofSilurus asotusandS. meridionalisenabled the assembly of high-quality parental genomes”颁发于Scientific Reports（IF2020=4.379）上。该论文获得国度自然迷信基金青年名目（名目编号：32000306），国度重点研发筹划（名目编号：2018YFD0900903）和珠江渔业资本查询拜访评估立异团队名目（名目编号：2020TD-10和2020ZJTD-04）的赞助。珠江所陈蔚涛助理研讨员和中国迷信院植物研讨所邹明博士为论文并列第一作者，珠江所李捷研讨员为通信作者。文章链接网址：https：//doi.org/10.1038/s41598-021-93257-x。

同源染色体存在杂合始终是障碍得到高间断性基因组组装的紧张因素。杂交体体细胞基因组包括双亲的两套分解水平较高的信息，通过针对杂交体体细胞的基因组测序或者有助于组装进程中的等位基因区分，进而得到高质量的双亲的单倍体基因组信息。然而，杂交之后的基因组震荡以及同源染色体之间的重组能够会影响组装成果的靠得住性，是以这一战略的可行性还需进一步评价。本研讨以鲇（Silurus asotus）和年夜口鲇（S. meridionalis）的杂交F1个别为研讨工具，联合PacBio测序与Hi-C技术，得到组装后杂交体的基因组年夜小为1.5Gb。基于数据库中已有的信息，两个亲本的29条染色体均被胜利辨认与区离开，且Contig N50别离为6.75 Mb（S. asotus）和9.78 Mb（S. meridionalis）。进一步阐发发现本次组装别离复原了鲇和年夜口鲇基因组总长度的94%和96%，且与近缘种黄颡鱼（Pelteobagrus fulvidraco）具备较高的共线性。在组装成果中没有发现年夜规模的反复序列拔出，但存在一定比例的种间重组，这能够是组装差错，也能够是有丝决裂重组招致。综上所述，通过杂交体基因组测序战略可能复原双亲年夜部门基因组信息，为简单基因组的组装提供紧张启示。同时，研讨成果可认为杂交体低劣性状的前期挖掘提供紧张参考，关于鲇属鱼类类种质资本的开辟、应用和维护具备紧张的迷信意义。(100yiyao.com）

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