上海交大杭化莲/王存团队通过空间多位点测序，为肝癌异质性评估和患者免疫分型提供新思路

来源： 生物世界 2023-02-20 14:14

当前大多数用于肝癌预后风险评估的模型都是基于单区域采样队列开发，这些风险评估模型在开发时未完全考虑瘤内异质性这一重要因素，因此很容易受采样偏倚的影响，从而导致其准确性受到较大限制。

样得到的样本进行了转录组和外显子测序。通过联合分析空间数据和分子数据，研究团队证明瘤内的转录组和基因组水平的异质性都会受到采样位点空间位置的影响。

在此基础上，研究团队提出了一个新的患者瘤内异质性的评估指标，即标准化的异质性分数（normalized diversity score），其通过对采样点空间位置的矫正，可以在一定程度上排除采样偏倚对异质性评估带来的影响。

当前大多数用于肝癌预后风险评估的模型都是基于单区域采样队列开发，这些风险评估模型在开发时未完全考虑瘤内异质性这一重要因素，因此很容易受采样偏倚的影响，从而导致其准确性受到较大限制。为解决这一问题，研究团队设计了衡量基因水平（gene-wise）异质性的指标IHS（integrated heterogeneity score），并基于此开发用于肝癌患者风险评估的模型LHRS（low-heterogeneity risk stratification）。与先前发表的多个肝癌风险评估模型相比，LHRS不仅可以更准确的预测肝癌患者的预后，还可以克服瘤内异质性所带来的影响。

此外，对肝癌患者进行状态的评估同样具有重要的临床意义。此前，有研究指明了一个基于20个基因的基因集，可将肝癌患者分为炎性（inflamed）或非炎性（non-inflamed）亚型，而炎性亚型的肝癌患者更有可能对免疫治疗响应。本研究通过将该基因集应用于多区域采样队列，证明了其易受瘤内异质性偏倚的影响从而无法提供准确的免疫评估结果。为此，研究团队在IHS基础上开发了一个新的基于29个基因的基因集，并证明其在区分炎性（inflamed）或非炎性（non-inflamed）患者亚型具有较高的准确性和稳定性。

上海交通大学医学院附属仁济医院肝脏外科学科带头人夏强和肝脏外科主任医师杭化莲、上海市肿瘤研究所覃文新研究员和王存研究员及附属仁济医院生物样本库主任康晓楠共同指导该研究，上海市肿瘤研究所博士研究生杨晨、硕士研究生张琳梦以及肝脏外科硕士研究生张森权等分别为这两项研究的第一作者。该工作得到国家面上项目、上海市教育委员会高峰高原学科建设计划及上海交通大学医工交叉 重点项目 资助完成。

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