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《肿瘤学年鉴》:减少40%晚期癌症,5年生存率相对提高四成!樊嘉院士团队研究证实,cfDNA甲基化测序用于癌症早筛极具价值

《肿瘤学年鉴》:减少40%晚期癌症,5年生存率相对提高四成!樊嘉院士团队研究证实,cfDNA甲基化测序用于癌症早筛极具价值

来源:奇点糕 2023-03-20 13:51

我国自主研发的循环游离DNA(cfDNA)甲基化检测技术ELSA-seq,能较为敏感地筛查肺癌、结直肠癌等6种常见癌症,并显著减少晚期癌症的发生,从而提高癌症患者整体的5年生存率!

众所周知,早发现、早、早治疗是抗击癌症的重中之重,特别是随着人口老龄化和饮食、烟酒等患癌风险因素的影响越发明显,全世界的癌症发病和死亡率都在上升[1],要抗击来势汹汹的癌症 魔军 ,做不到这 三早 可真就难了。

大道理好懂,但知易行难啊。要想真正落实 三早 ,首先要有效果确切的癌症早期手段,然而只有、等寥寥几种癌症的筛查达到了这条要求;其次筛查还得方便快捷,最好一次就能筛查多种癌症,不然只为筛查一种癌症就请假跑趟医院,大家伙还真不见得有足够的动力[2]。

听起来这两个问题都不好解决?但换成正蓬勃发展的癌症液体活检,破局可能就不难了,而且随着液体活检技术的升级,检测越来越和可靠,全面推广液体活检用于癌症筛查,获益可能超乎想象!

滴血验癌 已经越来越触手可及了

近期在权威期刊《肿瘤学年鉴》(Annals of Oncology)上,复旦大学附属中山医院樊嘉院士团队发表的一项最新研究结果显示:我国自主研发的循环游离DNA(cfDNA)甲基化检测技术ELSA-seq,能较为敏感地筛查肺癌、结直肠癌等6种常见癌症,并显著减少晚期癌症的发生,从而提高癌症患者整体的5年生存率!

研究者基于ELSA-seq技术分析癌症患者和非患者人群的cfDNA甲基化特征,开发了两种筛查模型(MCDBT-1/2),其中MCDBT-1在独立验证队列中的筛查特异性高达98.9%,敏感性也有69.1%;按我国癌症发病数据推算,全面推广该筛查能使6种常见癌症的晚期患者减少38.7-46.4%,将5年生存率相对提升四成[3]!

论文首页截图

关注癌症液体活检领域的读者们,应该不会对ELSA-seq技术感到陌生,它可是近几年屡次登上重要会议和期刊的业内 明星 ,能够大范围覆盖与癌症相关的CpG位点,从而准确筛查癌症并进行组织溯源,而在这次研究中它要负责筛查6种凶名赫赫的常见癌症:肺癌、结直肠癌、食管癌、、和。

本次研究的整体思路也与既往研究相似,首先基于开源数据构建cfDNA甲基化定制检测Panel并初步验证,再将该Panel用于分析1693例回顾性cfDNA样本(癌症患者735例,非癌症人群958例),分别训练和验证MCDBT-1/2模型,最终在独立验证前瞻性队列(n=946,癌症/非癌症各473例,特征匹配)中验证模型。

研究流程图

在Panel构建阶段,根据CpG位点的共甲基化水平和相邻CpG位点的基因组距离,研究者分别确定了6种癌症各自特异性的甲基化区域,有效区分癌症患者和非癌症人群的甲基化模式,且准确性和可靠性经机器学习模型验证。

模型构建图

基于上述Panel构建的MCDBT-1/2模型,区别主要是前者为极高特异性模型(Cut-off值为99.5%),后者为高特异性(Cut-off值为99.0%),二者的敏感性也因此有所差异,适用于癌症发病风险不同的人群,不过从研究的各项评估来看,MCDBT-2模型的整体表现都与MCDBT-1相似。

构建模型阶段的训练集数据显示,MCDBT-1模型筛查6种癌症的整体特异性为99.7%(95% CI: 98.9%-100.0%)、敏感性为75.2%(70.6%-79.4%),与既往研究相当;而在验证集中,MCDBT-1模型筛查的特异性为100.0%(95% CI: 97.0%-100.0%)、敏感性为69.4%(70.6%-79.4%)。

在独立验证队列中,MCDBT-1模型的特异性为98.9%(97.6%-99.7%),敏感性为69.1%(64.8%-73.3%)。细化来看,MCDBT-1模型筛查I-II期癌症的敏感性为43.8%,筛查I-III期的敏感性则为54.0%,筛查早期肝癌表现相对最优,但对女性人群敏感性偏低(51.2%/71.3%),可能与两性癌症发病谱差异有关。

MCDBT-1模型的整体表现

液体活检一次性筛查多种癌症时,还需要准确对癌症所在的部位进行溯源(Top predicted origin,TPO),从而指导后续的,MCDBT-1模型在这一项上表现较好,在独立验证队列中的溯源准确性(TPO1)达到83.2%。

说了这么半天的数据,液体活检到底是怎么能转化出 减少40%晚期癌症、癌症5年生存率相对提升40% 的巨大获益呢?研究者们根据模型覆盖的6种癌症在我国实际的发病率和确诊分期,重新估算了MCDBT-1模型在真实世界中的表现。

估算显示,MCDBT-1模型的真实世界筛查敏感性为70.5%,以它开展全面的癌症早筛,就能让38.7-46.4%的患者在相对早期(I/II期)被确诊,改变当前约60%患者在相对晚期(III/IV期)才被确诊的现状;配合根治性治疗,则能使上述6种癌症的5年生存率绝对值从31.4%提升至41.8-44.1%,相对提高了四成。

液体活检带来的癌症分期变化和对生存率的影响

一次检查就能早筛6种常见高危癌症,各方面表现还如此之好,奇点糕真得给液体活检狠狠点个赞,期待它在各方面的表现能够越来越好,覆盖更多的癌症并且更加精准,尽快成为防癌抗癌的利器!

参考文献:

[1]Chen S, Cao Z, Prettner K, et al. Estimates and Projections of the Global Economic Cost of 29 Cancers in 204 Countries and Territories From 2020 to 2050[J]. Oncology, 2023.

[2]Callison K, Pesko M F, Phillips S, et al. Cancer Screening after the Adoption of Paid-Sick-Leave Mandates[J]. New England Journal of Medicine, 2023, 388(9): 824-832.

[3]Gao Q, Lin Y P, Li B S, et al. Unintrusive multi-cancer detection by circulating cell-free DNA methylation sequencing (THUNDER): development and independent validation studies[J]. Annals of Oncology, 2023.

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