研讨职员宣布最新版树鼩基因组正文

起源：昆明植物所 2021-10-18 12:23

树鼩是一种与试验年夜鼠差不多年夜小的小型哺乳植物，是灵长类的远亲。因为其繁衍周期短（约6周），豢养本钱低，单胎产仔数较高（每胎2-5只）等特色，在某些方面无望替代非人灵长类用于生物医学研讨和利用。今朝，树鼩已被用于多种感化性疾病模子创立，是研讨视觉体系与功效的很好的植物。中国迷信院昆明植物研讨所研讨员姚永刚团队和单干者，对树鼩展开了恒久而深化的研讨，

树鼩是一种与试验年夜鼠差不多年夜小的小型哺乳植物，是灵长类的远亲。因为其繁衍周期短（约6周），豢养本钱低，单胎产仔数较高（每胎2-5只）等特色，在某些方面无望替代非人灵长类用于生物医学研讨和利用。今朝，树鼩已被用于多种感化性疾病模子创立，是研讨视觉体系与功效的很好的植物。中国迷信院昆明植物研讨所研讨员姚永刚团队和单干者，对树鼩展开了恒久而深化的研讨，先后实现树鼩高质量基因组阐发、树鼩转基因技术突破、树鼩免疫个性解析、树鼩研讨资本如长生化细胞系构建等任务，拓展了对这一新型试验植物的意识。

为解决树鼩用于疾病植物模子创立时短少基因组等信息的成绩，姚永刚团队和单干者先后宣布初版树鼩基因组（KIZ version 1： TS_1.0）和第二版树鼩基因组（KIZ version 2： TS_2.0）序列，并树立首个树鼩基因组数据库（http：//www.treeshrewdb.org/），完成树鼩基因组数据的自在拜访和共享，匆匆进树鼩研讨畛域的倒退。

近期，该团队成员应用三代转录组（Long-read isoform sequencing，ISO-seq）测序技术测定了树鼩各组织的全长转录组，得到准确的树鼩转录本构造。联合涵盖多种心理和病理状态下的树鼩组织与细胞的转录组数据，欠缺了树鼩基因组编码基因以及长（Long non-coding RNA，lncRNA）基因的正文，获得第三版树鼩基因组的正文（KIZ version 3： TS_3.0）。新正文的编码RNA转录本和lncRNA转录本，提供了一个更为全面靠得住的树鼩基因组正文信息。基于这些全面的正文信息，对树鼩lncRNA以及mRNA的根本序列特征以及表白特征进行了研讨，发现树鼩lncRNA的外显子数目小于mRNA，lncRNA转录本长度短于mRNA，lncRNA表白程度低于mRNA，这些特征也契合其他物种中的相关报道。进一步阐发显示，TS_3.0是今朝最为完全的树鼩基因组正文，树鼩各组织均有较高的基因表白特同性以及可变剪切特同性，能够与各器官执行的功效无关。

对包含人类、猕猴、树鼩和小鼠4种哺乳植物的组织转录组类似度比拟发现，树鼩相较于小鼠都与灵长类植物加倍接近。同时，阿尔兹海默症、帕金森综合症等13个通路中，树鼩相关基因与人类同源基因的类似度均高于小鼠相关基因与人类同源基因的类似度，这些基因在年夜脑中的表白形式也与人类加倍接近，阐明树鼩比小鼠更得当作为上述疾病的植物模子。应用新的正文信息，阐发了树鼩细胞和组织在多种病毒感化下的基因差别表白环境，发当初病毒感化相关转录组数据中，TS_3.0中新正文出的富嘌呤元件联合卵白A（Purine rich element binding protein A，PURA）和新鉴定到的树鼩特同性STT3B家族成员表示出显着的差别表白，提示在病毒感化进程中发扬紧张的作用。 (100yiyao.com）

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