科研职员树立靶向RNA的病原检测新办法

起源：微生物所 2021-10-27 08:17

病原感化是威逼人类安康的成绩，对临床诊断和医治形成负担。临床上，传统的病原鉴定次要以培育和生化检测为根底，但跟着下一代测序技术的不时提高，宏基因组测序（mNGS）进步了病原检测的效率，并有助于辨认难以培育的病原微生物；测序辨认抗生素抗性微生物也为改善医治方案提供了根据。然而，mNGS在临床利用方面仍面对阻碍，尤其是当测验样品总量少、样

病原感化是威逼人类安康的成绩，对临床和医治形成负担。临床上，传统的病原鉴定次要以培育和生化检测为根底，但跟着下一代测序技术的不时提高，宏基因组测序（mNGS）进步了病原检测的效率，并有助于辨认难以培育的病原微生物；测序辨认抗性微生物也为改善医治方案提供了根据。然而，mNGS在临床利用方面仍面对阻碍，尤其是当测验样品总量少、样本微生物含量低时，如咽拭子样品、支气管肺泡灌洗液样品、血液样品和脑脊液样品等。同时，因为宿主细胞和核苷酸在这些样本中往往占比拟年夜（通常 90%的宿主身分），下降了微生物鉴定的测序效率。

今朝，mNGS针对病原微生物的DNA，并使用二代测序技术发生较短的序列，因而会疏忽一些以RNA为次要物资的病原微生物。即便基于RNA的阐发或宏转录组的研讨绝对较少，但均标明靶向RNA的检测能无效提醒功效沉闷的成员/基因；基因组只有几个rDNA拷贝，但rRNA分子含量在沉闷细胞中却颇高，实际上，靶向RNA可以防止占劣势但处在休眠的微生物占测序读数的比例。

以Oxford Nanopore Technology测序技术为代表的三代测序领有疾速制备文库及超长读长等劣势，可无效进步临床样本中病原的检测。同时，ONT间接RNA测序技术也为临床样本中RNA病原无偏的检测提供了能够。中国迷信院微生物研讨所王军课题组、束缚军总病院呼吸与危重症医学部、北方医科年夜珠江医学院和北京年夜学第三病院单干，搜集了肺泡灌洗液（BALF）、脑脊液（CSF）和血液（Blood）样本，树立了RNA/cDNA靶向测序（mtNGS），以削减临床样本中的宿主核苷酸比例，并与牛津孔技术（ONT）相联合（mtTGS）以延长测序光阴。

研讨标明，与mNGS相比，mtNGS进步了微生物读数的比例，匆匆进了病原的鉴定，并能对真菌、病毒和抗性基因进行检测，与传统临床检测成果根本一致。此外，基于ONT的mtTGS因为其较长的读长劣势进一步进步了病原微生物的鉴定，也放慢了的光阴。应用ONT的间接RNA测序和靶向测序的测试标明，ONT显示出紧张的病原检测后劲，但需进一步倒退。是以，该研讨标明靶向RNA的临床样本病原检测有更高的后劲，特殊是与ONT的倒退和技术更新相联合。

近日，相关研讨结果颁发在Advanced Science上。研讨任务获得国度自然迷信基金、中科院策略性先导科技专项和国度重点研发筹划等的支持。(100yiyao.com）

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