Cell及其子刊提醒应用新开辟的EcoTyper对象提醒癌症亚型

2021年11月9日讯/BIOON/---在一项新的研讨中，来自美国斯坦福年夜学干与再生医学研讨所的研讨职员设计了一种对象来查看细胞若何在身材的各类情况中作出表示和彼此间互相作用。他们应用它更好地相识癌症若何发生和若何加以医治。相关研讨成果近期颁发在Cell期刊上，论文题目为“Atlas of clinically distinct cell states and ecosystems across human solid tumors”。论文通信作者为斯坦福年夜学生物学与研讨所生物医学数据迷信助理传授Aaron Newman博士和Andrew Gentles博士。论文第一作者为博士后研讨员Bogdan Luca博士和Chloé Steen博士。

论文独特通信作者、斯坦福年夜学生物学与研讨所生物医学数据迷信助理传授Aaron Newman博士说，“如今，咱们可以研讨组织的构成部门--整个细胞生态体系的构造方式--而不仅仅是研讨存在的细胞类型。这是一种更弱小的察看组织构造的方式。”

这种称为EcoTyper的对象将新的盘算机算法与这些作者先前开辟的算法相联合，以阐发细胞类型，它们是若何互相分列的，以及细胞正在发生什么样的RNA信息。他们可能阐发年夜量组织中细胞的互相作用，应用盘算机阐发来确定某些细胞亚型在组织中的生存地位以及它们与附近细胞的互相作用。

Newman说，“EcoTyper的共同之处在于它可能以高清晰度和年夜规模的方式对组织的细胞构造进行解码，并具备本钱效益。这包含可能阐发活组织查看或后贮存的各类组织样本，不然以这种方式进行阐发将是困难和低廉的。”

图片来自Cell, 2021, doi:10.1016/j.cell.2021.09.014。

Newman说，EcoTyper的另一个劣势是，迷信家们可以应用年夜量贮存的组织和公共数据库来进行虚构，他们曾经如许做了，以极具本钱效益的方式阐发了成千上万例癌症病例。他们通过火析分歧类型的实体癌的组织构造展现了EcoTyper的才能。

与此同时，另一篇颁发在Cancer Cell期刊上的题目为“The landscape of tumor cell states and ecosystems in diffuse large B cell lymphoma”的论文（下称第二篇论文）描写了EcoTyper若何被用来辨认淋巴瘤细胞的亚型。

对癌细胞及其附近细胞进行EcoTyper阐发

尽管肺癌在显微镜下能够看起来与膀胱癌或其他类型的癌性肿瘤十分分歧，但EcoTyper使得这些作者可能找到10个分歧的称为生态型（ecotype）的多细胞群落，它们存在于十多种分歧的肿瘤类型中。这些作者说，他们还发现，中某些生态型的存在或不存在对成果有很强的预测性，通常标明哪种医治办法最无效，乃至对分歧类型的癌症也是如斯。

Luca说，“咱们发现一种生态型可以预测对某种免疫疗法的优越反馈。现实上，它乃至比咱们测试的其他候选生物标记物的预测后果更好，即使是那些专门寻觅的预测反馈的。”

此外，通过EcoTyper，这些作者可能预测肺部的恶性后期病变--能成为癌症的异常成长---否会自发地消退或倒退为肺癌。

Gentles说，“EcoTyper可认为将来的医治提供一个平台，由于你对你想要攻打的肿瘤中的坏细胞有一个更好的相识。”这种对中互相作用的细胞群体的存眷与今朝的医治办法分歧，后者通常靶向“驱动渐变”或特定路径中的基因。他弥补说，“许多癌症疗法都集中在特定的细胞类型或基因上，但总会存在其他匆匆进癌症的细胞或没有产生雷同基因渐变的细胞”，而这些细胞异样是有代价的医治靶标。

转向最罕见的血癌

在第二篇论文中，这些作者试图区分某种淋巴瘤是否存在两种分歧的亚型，正如该畛域广泛承受的那样。应用EcoTyper，他们阐发了在漫溢性年夜B细胞淋巴瘤细胞之间和四周发现的微情况。通过察看癌细胞和非癌细胞若何分列和互相作用，他们不仅可能区分这种淋巴瘤的两个亚型，并且可能区分九种分歧的亚型。

鉴于这些作者正在研讨曩昔的淋巴瘤病例的组织样本，他们也有患者的病情记载。Steen说，“咱们发现，不仅这种B细胞淋巴瘤的亚型比曩昔意识的要多得多，并且咱们还可能标明，相识患者亚型使咱们有更好的才能来预测癌症能够会若何停顿。”

这些作者可能从一种仿佛失败的淋巴瘤药物的临床实验中找到踊跃的成果。理论上，他们从新进行了这项，此次采取了EcoTyper，并归入了他们对这种B细胞淋巴瘤还有若干品种型的新懂得。

Alizadeh说，“咱们看到的是，现实上有一种特定的淋巴瘤亚型对该疗法有反馈。但在最初的中，他们无奈确定这些其他的亚型，以是这个有愿望的疗效迹象在一切其他淋巴瘤亚型的负面成果中消逝了。”