研究人员发布癌症单细胞表达谱数据库CancerSCEM

来源：北京基因组研究所，2021-03 08:18 12

近日，由中国科学院北京基因组研究所国家基因组科学数据中心(国家生物信息学中心)开发的癌症单细胞表达图谱数据库CancerSCEM上线。研究结果发表在国际学术期刊《核酸》上，标题为《CEM癌症：不同人类癌症的单细胞表达图谱数据库》。

近日，由中国科学院北京基因组研究所国家基因组科学数据中心(国家生物信息学中心)开发的癌症单细胞表达图谱数据库CancerSCEM上线。研究结果在线发表在国际学术期刊《核酸研究》上，题目是《CEM癌症：不同人类癌症的单细胞表达图谱数据库》。

单细胞分辨率全转录组测序技术(scRNA-seq)在研究细胞异质性方面具有明显优势，已成为研究肿瘤微环境、肿瘤发病机制、转移和侵袭以及各种癌症治疗和诊断不可或缺的手段。截至2021年11月，PubMed已有1300多项癌症相关单细胞转录组研究，极大地增强了人们对人类癌症发生发展的认识，推动了癌症临床和治疗的进程。大规模癌症的scRNA-seq数据在过去十年中呈现爆炸式增长。迫切需要对这些数据进行标准化、整合和处理，对各种癌症的微环境进行深入挖掘和对比分析。为了满足这一需求，研究团队开发了CancerSCEM数据库。

利用CERSCEM 1.0版对208个癌症scRNA-seq数据集进行综合分析，包括肺腺癌(LUAD)、结直肠癌(CRC)、恶性胶质瘤(GBM)等20种人类癌症类型。通过标准化的分析过程，获得准确的细胞类型注释信息。在此基础上，团队还进行了一系列额外的分析，包括不同细胞类型间基因的差异表达分析(可为筛选新标记提供参考)、细胞表面受体-配体基因对的表达谱、样品中细胞相互作用网络的构建等。可以为用户提供更丰富的微环境相关信息，并基于TCGA表达数据和临床信息进行生存分析。

该数据库为用户提供浏览、多次搜索、在线分析和下载等服务。用户可通过首页快速搜索、词云、精准搜索，查询感兴趣的癌症单细胞数据集或样本。比如点击词云中的基因名称“HLA-A”或通过搜索框输入，即可触发数据库查询功能，实时获取目标基因的详细信息及其在单细胞、细胞群(组织)层面的表达和分布信息。为了方便临床用户，团队整理获得了36个常用的免疫检查点分子(如PDCD1、CTLA4、LAG3、HMGB1)，并提供了专门的检索清单，帮助各种癌症的临床免疫治疗研究找到更好的治疗靶点。

数据库还配备了交互式综合在线分析平台，集成了2个分析模块和7个分析功能。通过基因分析模块，用户可以在四个方面进行实时分析和可视化展示：样品中目标基因的整体表达谱；不同细胞类型内部基因表达的比较：基因表达相关性计算和筛选；208份样本单细胞或整体水平基因表达的比较。通过样本分析模块，用户可以比较样本间的细胞组成，构建样本内的细胞交互网络，并基于TCGA进行生存分析。分析平台将为用户进行个性化癌症scRNA-seq数据挖掘提供友好的增值服务。(100yiyao.com)

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