核酸研究:在水稻非B型DNA二级结构鉴定和功能分析方面取得新进展 |
![]() |
来源:南京农业大学2022-03-08 13:40
最近,南京农业大学农学院张研究组发表了一篇题为“核酸研究中I基序的全基因组特征及其在可转化元件的稳定性和进化中的潜在作用”的论文。
最近,南京农业大学农学院张研究组在核酸研究中发表了一篇题为“I基序的全基因组表征及其在水稻可转换元件的稳定性和进化中的潜在作用”的研究论文。本研究首次通过建立I-motif (iM-IP-seq)方法,在全基因组水平上鉴定了水稻DNA中I-motif(iM)位点的分布,并揭示了其序列特征。研究了该结构与DNA胞嘧啶甲基化的关系及其对转座子活性的影响。
在基因组中,除了DNA典型的右旋双螺旋(B型)结构外,还有许多非B型的DNA二级结构,如R-环、G-四链体(G4)和I-基序等。越来越多的研究结果表明,非B型DNA的二级结构包含着重要的调控信息。通过二级结构的形成和开放,快速响应体内外环境信号的变化,参与一系列重要的生物过程。I-motif富含胞嘧啶(c)序列,在人类、动物和植物基因组中普遍存在。近年来,相关研究结果表明,i-motif在维持人类基因组结构的稳定性、DNA复制、基因转录和翻译等生物过程中发挥着重要作用。特别是I基序普遍存在于人类肿瘤基因的启动子区域,与肿瘤基因的表达密切相关,从而为药物基因组学提供了一类新的抗癌靶点。因此,对I基序生物学功能的研究已成为人类和动物调控的一个新的研究热点。然而,到目前为止,还没有关于植物基因组中I基序及其生物学功能的基因组学研究的详细报道。
本研究基于特异性识别i-motif的iMab抗体,成功建立了iM-IP-seq组学方法,并通过免疫沉淀反应结合二代测序法绘制了水稻i-motif分布图。发现I基序主要分布在水稻基因组的启动子和5’UTR区域。部分i-motif分布在染色质开放区,具有潜在的调控元件功能。
通过进一步分析DNA甲基化对I-基序结构形成的影响,本研究发现I-基序中DNA甲基化水平较低,但适度的DNA甲基化有利于I-基序的稳定,DNA甲基化对I-基序稳定性的影响与胞嘧啶甲基化的程度和位置有关,二者之间呈现出复杂的关系。
结合栽培稻亚种、野生稻的转座子数据和DNA甲基化数据,本研究发现活性转座子具有形成i-motif结构的高潜力,并伴有CG和CHG的低甲基化。这表明I基序和DNA甲基化共同影响转座子的稳定性。
本研究为在全基因组水平上识别I基序提供了新的基因组学方法,将有助于系统研究I基序的序列特征、表观修饰和生物学功能,从而为植物基因表达调控提供新的研究思路。(100yiyao.com)
版权声明
本网站标注“来源:百医网”或“来源:bioon”的文字、图片、音视频资料均属于百医网网站版权所有。未经授权,任何媒体、网站或个人不得转载,否则将承担责任。获得书面授权转载时,必须注明“来源:百医网”。其他来源的文章均为转载。本网站所有转载都是为了传递更多信息。转载不代表本网站的立场。不想被转载的媒体或个人可以联系我们,我们会立即删除。
87%的用户在随时阅读、评论、分享百医网APP。请扫描二维码下载-

- 相关报道
-
- J Hematol Oncol:突破T细胞白血病治疗瓶颈——双靶点CAR-T细胞有望带来新希望 (2025-07-09)
- 《自然·医学》:世卫组织最新预警!全球08-17年出生的人,或有1560万会患胃癌,76%归因与幽门螺杆菌感染,2/3发生在亚洲 (2025-07-09)
- 精鼎医药宣布两位 FDA 权威专家加入我司咨询团队,进一步增强监管事务、医学及 AI 领域专业实力 (2025-07-08)
- Mater Today Bio:干细胞球联手纳米颗粒水凝胶精准改善糖尿病创面环境,加速伤口愈合新突破 (2025-07-08)
- J Anim Sci Biotechnol研究揭秘美味密码:益生菌联手重塑肠道菌群,经肠-肌轴提升猪肉鲜味与品质 (2025-07-08)
- Science:告别序列依赖,为你的染色体“扫码”——每条染色体竟自带独一无二的“条形码 (2025-07-07)
- 《自然》子刊:刷新认知!哈佛团队发现,乙肝病毒自身或不致肝癌,但会增强致癌物的作用 (2025-07-07)
- 《科学》子刊:科学家揭示帕金森病中不同的发病轨迹,或为定义亚型和治疗靶点提供新见解! (2025-07-07)
- 《细胞》破解常见痴呆的治疗难题!“老药新用”有望恢复大脑功能 (2025-07-07)
- 华人学者本周发表4篇Cell论文:高度血管化的肺/肠道类器官;修复血管性痴呆;自身免疫病新疗法;同义突变调控性状 (2025-07-07)
- 视频新闻
-
- 图片新闻
-
医药网免责声明:
- 本公司对医药网上刊登之所有信息不声明或保证其内容之正确性或可靠性;您于此接受并承认信赖任何信息所生之风险应自行承担。本公司,有权但无此义务,改善或更正所刊登信息任何部分之错误或疏失。
- 凡本网注明"来源:XXX(非医药网)"的作品,均转载自其它媒体,转载目的在于传递更多信息,并不代表本网赞同其观点和对其真实性负责。本网转载其他媒体之稿件,意在为公众提供免费服务。如稿件版权单位或个人不想在本网发布,可与本网联系,本网视情况可立即将其撤除。联系QQ:896150040