Star Protocols:发布ArchaicSeeker2.0方法重构古人类基因交流模型分析流程

来源：营养与健康研究所2022-04-21 15336012

在漫长的进化史中，现代人类和古代人类有着复杂的基因交换关系。

最近，Star Protocols在网上发表了中国科学院上海营养与健康研究所的研究成果，题为“利用古风Seeker 2.0检测古风渗入并模拟多波混合”。本工作提供了ArchaicSeeker 2.0方法的具体分析流程(如图)。ArchaicSeeker 2.0方法主要用于检测现代人类基因组中被古人类渗透的片段，进而重建现代人类与古人类种群交融的历史模型。

在漫长的进化史中，现代人类和古代人类有着复杂的基因交换关系。由于现代人之间基因浸润的百分比低、时间长等因素，以往用于检测古代人与现代人之间基因浸润片段的方法大多没有取得很好的效果。此外，很难精细重构现代人类与古代人类基因交流的历史模型。ArchaicSeeker 2.0可以解决这类问题，有效检测和量化相关物种的基因交换，在更精细的尺度上重构复杂的基因交换历史。该方法主要由三个功能模块组成：寻找潜在的基因渗入片段、将渗入片段匹配到相应的祖先群体和构建基因渗入的历史模型。参见http://www.sinh.cas.cn/xwgg/kyjz/202111/t2021102 _ 6240465.html，了解之前对ArchaicSeeker 2.0方法的介绍。

本研究中的方案以公共开放数据库中的中国汉族人群21号和22号染色体数据为例，展示了利用ArchaicSeeker 2.0方法检测并量化古尼安德特人和丹尼索瓦人渗入的基因组片段，进而重建丹尼索瓦人基因渗入中国汉族人群的历史模型的分析过程，包括分析过程中每一步需要准备的输入文件格式、注意事项、代码执行命令以及相应的输出文件格式。此外，协议还列出了用户在安装和使用ArchaicSeeker 2.0方法时可能遇到的代码错误信息或文件格式问题，并提供了相应的解决方案，为用户的分析提供了方便。

ArchaicSeeker 2.0分析流程图

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