研究人员基于FFPE样本构建甲基化图谱预测癌症原发部位 |
9月14日,《自然-通讯》(Nature Communications)在线发表了中国科学院分子细胞科学卓越创新中心石建涛组完成的最新合作研究成果(DNA methylation profiling to determine the primary sites of metastatic cancers using formalin-fixed paraffin-embedded tissues)。 该研究开发了新方法,即利用医学病理学中常用的福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)样本,构建DNA甲基化信息图谱,并结合机器学习方法,准确预测转移性癌症的原发部位。
识别癌症的原发部位对于癌症和后续治疗至关重要。过去二十年中,针对肿瘤抗原的组织化学(IHC)被视为 金标准 (能够判定50-65%的转移癌的原发部位)。然而,约3-9%的转移癌在临床上无法确定其原发部位,被称为原发灶不明肿瘤(CUP)。开发的CUP组织溯源方法,颇具意义。DNA甲基化呈现出较强的组织特异性,是组织溯源理想的分子标志物。
该研究对10种常见肿瘤的新鲜冻存样本进行简并甲基化测序(RRBS),构建了高质量的原发灶训练集(n=498)。同时,该工作开发了使用FFPE样本生成DNA甲基化图谱库的方法(FFPE-RRBS),能够检测纳克级高度降解DNA,构建了独立的转移灶验证集(n=215)。进一步,研究利用四种甲基化评估方法和七种机器学习方法构建了28个分类器,其中,基于平均甲基化的线性支持向量机(BELIVE)表现最佳,在转移灶验证集上总体准确度(AUC)达到0.95。该工作开展了前瞻性研究,对68名CUP患者的FFPE样品进行判定发现:敏感度达到81%(top-1);若考虑前三个预测结果(top-3),敏感度可达93%。
研究工作得到国家、浙江省和国家卫生健康委员会等的支持。该研究由中国科学院合肥物质研究院健康与医学技术研究所、分子细胞卓越中心、杭州肿瘤医院合作完成。浙江大学医学院附属杭州市第一人民医院转化医学中心的研究人员参与工作。
BELIVE模型在独立验证集(转移癌)上的预测表现
医药网新闻- 相关报道
-
- AI赋能抗癌免疫疗法!EJMC:中国科学家利用人工智能技术开发出用于癌症免疫疗法的新型抑制剂 (2024-04-28)
- 4月 Nature杂志不得不看的重磅级亮点研究! (2024-04-28)
- 展开2024年医疗保证基金航行查看任务 (2024-04-28)
- AIM:代盐有益国人健康的顶级证据来了!迄今最全面研究发现,代盐摄入可降低全因死亡和心血管死亡风险,中国饮食人群中效益更强 (2024-04-28)
- 不仅仅是美丽的皮囊哦!研究表明:外表高吸引力的人群具有普遍较好的免疫功能,包括更强的对抗细菌入侵能力 (2024-04-28)
- Dev Cell (2024-04-28)
- 《细胞》:难怪肿瘤偏爱“酸性体质”!苏州大学团队首次发现,瘤内乳酸会导致抑癌蛋白p53乳酸化,失去抗癌功能 (2024-04-27)
- Int. J. Biol. Sci:靶向CBFΒ可能是设计新的有效治疗骨关节炎的潜在治疗靶点 (2024-04-27)
- Cell子刊:严飞/陈智毅团队开发超声可视化工程细菌,用于肿瘤治疗 (2024-04-27)
- 大规模研究显示,黑咖啡与抑郁风险降低有关,而加糖咖啡、含糖饮料、果汁或增加抑郁风险 (2024-04-26)
- 视频新闻
-
- 图片新闻
-
医药网免责声明:
- 本公司对医药网上刊登之所有信息不声明或保证其内容之正确性或可靠性;您于此接受并承认信赖任何信息所生之风险应自行承担。本公司,有权但无此义务,改善或更正所刊登信息任何部分之错误或疏失。
- 凡本网注明"来源:XXX(非医药网)"的作品,均转载自其它媒体,转载目的在于传递更多信息,并不代表本网赞同其观点和对其真实性负责。本网转载其他媒体之稿件,意在为公众提供免费服务。如稿件版权单位或个人不想在本网发布,可与本网联系,本网视情况可立即将其撤除。联系QQ:896150040