Nature Biotechnology：微生物世界的“隐形”居民普查——SingleM与Sandpiper揭开的未知之谜

想象一下，你走进一座无比繁华、人口亿万的超级都市，但你的眼睛有一种奇特的 脸盲症 ，只能认出那些频繁出现在电视上的明星。街头巷尾，无数的工程师、教师、艺术家、外卖员 这些构成城市活力的普通人，在你眼中全都模糊不清，仿佛 隐形 。这听起来很荒谬，但这恰恰是过去几十年里，微生物学家们探索地球微生物世界时面临的真实窘境。

我们脚下的土壤、深邃的海洋、甚至我们自己的肠道，都栖息着数以万亿计的微生物。为了看清这个微小而庞大的世界，研究人员开发了 宏基因组学 (metagenomics) 技术。它就像把这座城市里所有的书籍、报纸、信件全部打碎，然后通过分析这些纸片，来推断城市里到底有哪些信息、哪些故事。然而，传统的方法就像那个只能识别明星的 脸盲症 患者，它们严重依赖已知的微生物基因组 名人录 。如果一个微生物的基因组从未被测序过，它就像一个没有档案的 隐形人 ，在数据分析中被轻易地忽略了。这意味着，我们对微生物世界的认知，存在着巨大的、系统性的盲区。

近日，一项发表在《Nature Biotechnology》上的研究 Comprehensive taxonomic identification of microbial species in metagenomic data using SingleM and Sandpiper ，为我们摘掉了这副 脸盲 的眼镜。研究人员开发了一套全新的工具，它不仅能认出 明星 ，更能地描绘出那些前所未见的 普通人 的面貌，带领我们进行了一场前所未有的微生物世界 隐形居民 大普查。