BMC植物生物学:咖啡种质资源全基因组重测序分析进展

来源：武汉植物园2022-03-03 07:53

小粒咖啡属于茜草科，是一种重要的多年生经济作物。随着人们对特色咖啡需求的不断增加，开发市场需求高的咖啡品种显得非常重要。埃塞俄比亚作为小粒咖啡基因库的主要来源，具有很高的种质资源价值，可用于培育性状优良的品种。基因组重测序可以促进分子育种，重测序分析产生的标记有助于促进传统作物育种。

小粒咖啡属于茜草科，是一种重要的多年生经济作物。随着人们对特色咖啡需求的不断增加，开发市场需求高的咖啡品种显得非常重要。埃塞俄比亚作为小粒咖啡基因库的主要来源，具有很高的种质资源价值，可用于培育性状优良的品种。基因组重测序可以促进分子育种，重测序分析产生的标记有助于推广传统的作物育种方法，从而缩短开发新品种所需的时间。因此，基因组重排在咖啡中的开发和应用可以促进性状优良品种的培育。

中国科学院武汉植物园与埃塞俄比亚研究人员合作，利用Illumina测序技术对埃塞俄比亚生物多样性研究中心Choche种质库中的90份咖啡种质材料进行基因组重测序，获得974万个SNP和134万个InDel。同时，利用全基因组SNP标记进行的系统发育分析表明，这些咖啡种质被聚为4个大分支，每个大分支又包含几个小分支，聚类方法与种质资源的地理来源高度相关。本研究发现的SNPs可能与咖啡中咖啡因含量、产量、病虫害等重要农艺性状的重要基因途径变异有关，可能是新等位基因变异的有价值来源，可用于促进咖啡基因组研究和种质改良。

相关的研究结果发表在BMC Plant Biology上，标题为Coffea Arabia L .(茜草科)基因型的全基因组重测序确定了SNP，并使不同的群体显示出强烈的地理模式。这项研究得到了英国皇家科学院的支持。湖北省d计划，国家自然科学基金，中国科学院国际合作计划，中国科学院中非联合研究中心。(100yiyao.com)

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