科学:完整的人类参考基因组改进了人类遗传变异的分析

来源：100医疗网原创2022-04-04 18336030

2022年4月4日/100医学网BIOON/——人类参考基因组的核心应用之一是作为几乎所有人类基因组研究的比较基线。不幸的是，人类参考基因组的许多困难领域几十年来一直没有得到解决，并受到崩溃区和序列缺口的影响。

2022年4月4日/Bioon/-人类参考基因组的核心应用之一是作为几乎所有人类基因组研究的比较基线。不幸的是，人类参考基因组的许多困难领域几十年来一直没有得到解决，并受到沉降区、序列缺失等问题的影响。与目前的人类参考基因组GRCh38相比，人类T2T-CHM13(端粒到端粒CHM13)基因组填补了所有剩余的空白，将这一基因组序列增加了近200 Mbp(Mbp)，纠正了数千个结构错误，并释放了人类基因组中最复杂的区域，以供科学探索。

在一项新的研究中，来自端粒到端粒，T2T (T2T)联盟的研究人员展示了T2T-CHM13参考基因组如何在世界各地的不同队列中普遍改善阅读序列图谱和突变识别。该队列包括来自扩展的1000基因组计划(1KGP)的所有3，202个已被短阅读测序的样本，以及来自世界各地的17个已被长阅读测序的不同样本。通过应用最先进的方法来调用单核苷酸变异(SNV)和结构变异(SV)，他们记录了T2T-CHM13与之前的人类参考基因组序列相比的优势和局限性，并强调它有望在基因组的技术挑战领域内揭示新的生物学见解。相关研究成果于2022年4月1日发表在《科学》杂志上，标题为《人类遗传多样性的完整参考基因组改进分析》。

T2T-CHM13的基因组特征和可利用资源。图片来自Science，2022，doi :10.1126/Science . abl 3533。

在1KGP样本中，与GRCh38相比，这些作者通过使用T2T-CHM13在整个基因组中发现了超过一百万个额外的高质量突变。在以前未解决的基因组区域，他们在每个样本中发现了成千上万的变异——这是一个进化和生物医学发现的好机会。T2T-CHM13提高了602个三元组中的孟德尔符合率，消除了每个样本中数万个假SNV，包括将269个具有挑战性的医学相关基因的假阳性率降低了12倍。这些修正很大程度上是由于GRCh38中超过9 Mbp的不准确序列中的70个蛋白质编码基因由于虚假的折叠区域或重复区域而得到的改善。通过使用T2T-CHM13参考基因组，我们可以更好地了解整个基因组中的结构变异，这大大改善了序列插入和缺失之间的平衡。最后，通过为T2T-CHM13提供大量资源(包括1KGP基因型、可及性掩码和突出的注释数据库)，他们的研究工作将促进从当前人类参考基因组向T2T-CHM13的过渡。

综上所述，T2T-CHM13在发现不同人类谱系样本中的变异方面取得了很大的进步，成为下一个人类遗传学的主流参考基因组。因此，T2T-CHM13为构建和研究来自世界各地不同个体的高质量参考基因组提供了模型，例如目前与人类泛基因组参考联盟合作进行的研究。作为基础，这项新研究强调了准确和完整的参考基因组对揭示人类群体多样性的好处。(100yiyao.com 100医疗网)

参考资料：

谢尔盖阿加涅佐夫等人。科学，2022，doi :10.1126/science . abl 3533。

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