周曲静合作建立细胞谱系多组学数据库

来源：生物世界2022-11-04 09336004

在哺乳动物的整个生命周期中，细胞谱系的形成和转化经历了复杂的转录和表观遗传变化。研究谱系的分化、维持和退化，有助于全面理解器官发育、稳态、衰老和疾病等重要的生物学过程。

在哺乳动物的整个生命周期中，细胞谱系的形成和转化经历了复杂的转录和表观遗传变化。研究谱系的分化、维持和退化，有助于全面理解器官发育、稳态、衰老和疾病等重要的生物学过程。随着高精度组学技术的快速发展，人类和小鼠等模式生物的谱系相关研究产生了大量数据，建立相关数据资源平台存储和整合组学数据成为迫切需求。

中国科学院动物研究所研究组、中国科学院计算机网络信息中心周研究组、中国科学院动物研究所曲靖研究组和北京基因组研究所(国家生物信息中心)张玮琪研究组，在《核酸研究》杂志上发表了题为：记录跨物种线性委员会的线性景观3360a综合数据库的研究论文。

本研究建立了谱系全景数据库——谱系景观。从转录组、单细胞转录组、表观基因组等不同层次的数据集，捕捉了人类和经典模式生物等10余个物种从胚胎、胎儿、成体到老年的细胞谱系变化，实现了不同条件下基因表达变化的收敛和融合(图1)。

图一。世系景观数据库

谱系景观数据库实现了细胞谱系不同层次、不同时期多维组学数据的收集和整合。用户可以方便地访问和查询感兴趣的基因在不同物种和发育阶段的变化。总体而言，Lineage Landscape收集了超过660万个细胞的数据，包括1500万个差异表达的基因条目。该数据库将不断更新和整合不同组学水平的高质量数据集，从而为相关研究领域提供宝贵的资源。

此外，该团队在2020年建立了老化图谱(AA)数据库，在2021年建立了再生路线图(RR)数据库。迄今为止，这些数据库已经为来自世界各地75个国家的160，000名访问者提供了服务。谱系景观(LL)、衰老图谱(AA)和再生路线图(RR)将资源互补，共同推动发育、衰老和再生生物学的学科发展。

该数据库由中国科学院动物研究所、北京再生医学研究所、计算机网络信息中心、干细胞与再生医学数据中心、中国科学院数据中心、首都医科大学北京基因组研究所、宣武医院国家老年医学临床研究中心等合作完成。

中国科学院动物研究所研究员、中国科学院计算机网络信息中心研究员周、中国科学院动物研究所研究员曲靖、中国科学院北京基因组研究所研究员为通讯的合著者。首都医科大学博士生严浩腾、中国科学院计算机网络信息中心助理工程师王、中国科学院动物研究所、北京干细胞与再生医学创新研究院第一研究员马帅、中国科学院计算机网络信息中心工程师黄道然、首都医科大学宣武医院老年医学国家临床研究中心研究员、中国科学院北京基因组研究所研究员为共同第一作者。此外，数据库的建设得到了中科院计算机网络信息中心高级工程师和高级工程师陆的支持。

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