自然:发现新冠肺炎祖先的几率“几乎为零”

来源：生物世界2022-11-15 09336055

英国格拉斯哥大学进化病毒学家Spyros Lytras在新加坡举行的第七届世界同一健康大会上所做的报告显示，2016年蝙蝠冠状病毒和s

新冠肺炎(新型冠状病毒)和几种密切相关的蝙蝠冠状病毒的完整基因组显示，它们在几十年前拥有共同的祖先，但这些冠状病毒交换RNA片段。这个过程叫做重组，所以每个部分都有自己的进化史。

2022年11月8日，英国格拉斯哥大学进化病毒学家Spyros Lytras在新加坡举行的第七届世界同一健康大会上做了报告。这表明蝙蝠冠状病毒的某些部分与2016年的新型冠状病毒有着共同的祖先。仅三年后，2019年，新冠肺炎出现在人类社会。

这一发现缩小了新型冠状病毒的祖先起源于蝙蝠和新型冠状病毒病毒传播给人类之间的时间间隔。然而，这并不能解释新型冠状病毒最近的祖先是如何从蝙蝠跳到人类的，这也是自新冠肺炎疫情以来一个挥之不去的谜。许多科学家认为它可能涉及一种作为中间宿主的动物。

新冠肺炎(新型冠状病毒)和蝙蝠冠状病毒的共同祖先出现的时间比科学家想象的要晚。但其他病毒学家认为，找到新型冠状病毒的直系祖先的可能性几乎为零。

考虑到冠状病毒重组的频率和已经过去的时间，在蝙蝠中找到新型冠状病毒的直接祖先将是极其困难的。澳大利亚悉尼大学的进化病毒学家Edward Holmes说，找到新型冠状病毒的直系祖先的几率几乎为零。

加州大学圣地亚哥分校的分子流行病学家乔尔韦特海姆(Joel Wertheim)表示，新型冠状病毒的直接祖先可能是由几种病毒形成的，此后在蝙蝠中发生了重组和变异。对蝙蝠进行冠状病毒采样，可能会比迄今为止在已知冠状病毒中发现的病毒片段识别出更密切相关的病毒片段，但可能不会揭示直接的祖先。

自疫情开始以来，许多研究人员，特别是东南亚的研究人员，一直在对蝙蝠和其他哺乳动物中发现的冠状病毒进行测序。他们还对之前储存在冰箱中的组织样本中的冠状病毒进行了测序，希望找到导致疫情的病毒的起源。然而，科学家从未发现新型冠状病毒的前驱病毒，这甚至导致一些人推测，新冠肺炎疫情是由实验室病毒泄漏引起的。

到目前为止，科学家已经从蝙蝠和穿山甲中分离出十多种与新型冠状病毒密切相关的病毒。为了确定他们与新型冠状病毒的关系，研究人员经常比较他们的整个基因组(大约30，000个核苷酸长)。通过这种方法，他们发现新型冠状病毒已知的近亲是在老挝发现的一种名为BANAL-52的蝙蝠冠状病毒，其基因组与新型冠状病毒的基因组96.8%相同，以及在云南发现的一种名为RaTG13的蝙蝠冠状病毒，其基因组与新型冠状病毒的基因组96.1%相同。

这两种蝙蝠冠状病毒的基因组与新型冠状病毒的基因组之间存在3-4%的差异，这表明这些病毒自从拥有共同的祖先以来，已经进化了大约40-70年。但是，这种比较实际上忽略了重组在病毒进化中的作用。

英国格拉斯哥大学的进化病毒学家Spyros Lytras在会议上展示了他的研究。他们比较了18种与新型冠状病毒密切相关的蝙蝠和穿山甲病毒，并将它们拼接成27个片段。每个片段都有数百到数千个核苷酸序列，并有不同的进化史。对于每个片段，167个相关病毒的更大子集被用来估计新型冠状病毒与蝙蝠或动物病毒共享一个共同祖先的时间。

他们的分析表明，就在几年前，这些碎片中的一些与新型冠状病毒有着共同的祖先。大多数片段在2007年左右共享一个共同的祖先，但一个长度约为250个核苷酸的小片段可能在2016年共享一个共同的祖先，另一个长度为550个核苷酸的片段可能在2015年共享一个共同的祖先，就在新型冠状病毒出现在人类社会之前3-4年。这两个最晚有共同祖先的片段来自云南和老挝的蝙蝠样本。考虑到这些病毒可以从蝙蝠宿主转移的距离，云南和东南亚是新型冠状病毒祖先的热点。

这是一个聪明的方法，福尔摩斯说道。它给你最纯粹的进化时间信号。然而，他指出，一些片段相当短，这使得这些估计不太可靠，因为可供比较的RNA核苷酸数量有限。

这些分析表明，新冠肺炎(新型冠状病毒)和蝙蝠冠状病毒的共同祖先出现的时间比科学家想象的要晚。

澳大利亚悉尼大学的进化病毒学家爱德华霍尔姆斯(Edward Holmes)表示，这是一种聪明的方法，它给出了新型冠状病毒进化时间最纯粹的信号。然而，其中一些片段很短，这使得这些评估不可靠。用这些数据找到新型冠状病毒的直系祖先的可能性几乎为零。

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