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遗传变异影响基因表达和剪接,是导致人类表型多样性的主要因素之一。尽管这类研究非常宝贵,但其参与者主要是欧洲血统人群,导致结果的普适性受限,并且对进化研究的贡献有限。为了解决这些问题,7月17日Nature的研究报道 Sources of gene expression variation in a globally diverse human cohort ,开发了MAGE(Multi-Ancestry Gene Expression),一个开放获取的RNA测序数据集,涵盖了来自1000 Genomes Project的731名个体,分布于全球五大洲的26个种群。
多年来,基因表达与剪接的遗传变异研究为揭示这些分子特征与更高层次表型之间的关系奠定了基础。然而,这些研究往往忽略了非欧洲血统的个体,限制了研究结果的广泛应用性。例如,遗传关联研究()大多集中在欧洲血统人群,这可能导致在其他种群中的预测准确性降低,并且难以发现那些在其他种群中特有的重要变异。因此,研究多样化人群中的基因表达和剪接变异显得尤为重要。
MAGE项目通过对1000 Genomes Project中731个淋巴母细胞系的RNA测序,量化了基因表达和剪接的多样性,提供了高分辨率的基因变异与基因表达和剪接之间的关联图(cis-eQTL和cis-sQTL)。研究发现,大部分基因表达(92%)和剪接(95%)的变异存在于种群内部,这与DNA序列变异的分布情况一致。研究人员还发现了超过15000个潜在的因果eQTL和超过16000个潜在的因果sQTL,其中有1310个eQTL和1657个sQTL主要存在于未被充分研究的种群中。
这些发现表明,不同种群间基因表达和剪接的效应大小和方向高度一致,之前观察到的 种群特异性 效应主要是由于研究分辨率低或未检测到的独立eQTL所致。这意味着通过更高分辨率和更全面的数据集,我们可以更准确地理解基因表达和剪接的遗传变异。
MAGE项目不仅扩展了我们对人类基因表达多样性的理解,还为研究人类基因组的进化和功能提供了一个包容性资源。通过结合现有的全基因组测序数据,MAGE将成为未来研究人类基因表达和剪接多样性的宝贵资源,推动个性化医疗和进化生物学的研究进展。
总的来说,MAGE项目强调了在遗传研究中纳入多样化样本的重要性。这不仅提高了因果变异识别的分辨率,还为研究这些变异在不同人群中的作用机制提供了更全面的视角。通过MAGE,能够更好地理解基因表达和剪接变异对人类表型多样性的贡献,从而为个性化医疗提供更有力的科学依据,并推进基因组学领域的发展。
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