Cell:宣布环球城市微生物组图谱，你的居处信息能够就藏在鞋子上

跟着环球城市化过程的不时倒退，附着在人类中的、病毒和其他微生物也在交通轨道的通行中频仍的互换，乃至稳定存在，缓缓成为了咱们生存的一部门。一些微生物能够具备像COVID-19相似的潜在未知致病性，也有一些微生物与抗微生物药的耐药性相关，还有一些微生物能够具备特定于城市的特征，这些信息的挖掘和发现关于人类的安康倒退具备紧张意义。这也使得，绘制咱们生活所依赖的城市中存在的微生物品种和散布图谱变得更为急需。

近日，来自美国康奈尔医学研讨院的研讨职员在《Cell》上颁发了题为A global metagenomic map of urban microbiomes and antimicrobial resistance的研讨结果，该团队在三年内搜集了来自环球32个国度和60个城市的近5，000个样本，通过宏基因组测序，发现了10928种病毒和748种，绘制了环球的城市微生物图谱，并发现了其城市散布特征。

为了更多相识城市中的微生物种群，研讨职员从环球60个城市的公共交通体系（雕栏、长凳和售票亭）中共搜集了4728个样本，通过宏基因组测序得到了各样本中近12000种微生物数据。基于测序信息，研讨职员对微生物物种在环球城市情况中的散布进行了统计阐发，发现城市领有一组“焦点”的微生物组，约有1145种微生物根本上呈现在一切的样本中，此中31个物种最为激进。此外，最丰厚的微生物品种是痤疮角质杆菌，其在一切样品中的品貌散布绝对稳定，是一种已知的人类皮肤共生菌。

人类是城市情况的次要构成部门，那么城市样本中的微生物组是否能够也与人体内的共生微生物构成相似呢？研讨职员将样本中的非人类DNA片断与人类微生物组筹划(HMP)中五个共生微生物组位点（粪便、皮肤、气道、胃肠道、泌尿生殖道）的50个随机选择的样本进行了比拟，发现本研讨中的样本与分歧人体部位样本间的微生物存在着一定的差别，但从能够常常被人类皮肤打仗的门把手、按钮、雕栏和触摸屏等外表中采集的样本确切与人类皮肤微生物组较为类似。

尽管简直一切城市样本中都存在着已发现的焦点微生物组，但其他的微生物多样性依然受着城市中生齿密度、6月份的均匀温度、地域海拔高度、地表类型、地表资料、距空中高度以及与海岸间隔的影响。进一步阐发后，研讨职员发现这些样本中微生物的多样性与城市气候亲密相关，而与地表物资的相关性不太强。

对得到的微生物数据进一步鉴定归类，发现年夜多半样本均包括了来自放线菌、拟杆菌、厚壁菌门和变形菌门的物种，但其部门绝对品貌仿佛具备年夜陆偏好性，中东和年夜洋洲的厚壁菌门比例高于其他地域。此外，研讨职员也发现，抗菌素耐药基因在城市中广泛存在，其种别也因年夜陆而异，不外抗性基因的品貌广泛较低。还有值得注意的是，研讨职员通过与已知微生物数据库的映射比对，发现城市中存在着许多新的和病毒物种。

该研讨的作者Evan E. Afshin表现：基于这些采样任务和测序阐发成果，只要对鞋子上的DNA进行测序就可以预测一团体的居处，精确率可以高达90%。该研讨也发现了许多因素会影响城市的微生物群落，而这些分歧特征的发现也为法医研讨提供了一些能够。此外，耐药菌株和抗性基因的数据的积聚，也为大夫、迷信家和公共卫生官员处置公共卫生安康成绩提供了一定的见解。(100yiyao.com）