单链文库构建技术帮助RNA

近年来，高通量测序技术彻底改变了生物学和医学的研究方法，使得在单碱基水平上检测大量样本的核苷酸序列成为可能。在科学研究领域，RNA-Seq是分析基因表达和发现新种类RNA的常用方法。在精准医学领域，靶向富集，尤其是杂交捕获技术越来越多地被用于在RNA水平检测融合突变，基因融合可能激活原癌基因，灭活抑癌基因，从而驱动发生发展，也是许多癌症的MRD靶点。

尽管现有技术方案允许对RNA分子进行直接测序，但大多数RNA-Seq实验使用DNA分子的测序平台。因此，从样品中获得纯化的RNA分子，并通过逆转录生成cDNA文库是RNA-Seq的必要步骤。接下来，我们将讨论IDT埃德特用于科学研究和临床检测的RNA-seq测序解决方案及其关键性能参数。

科学研究领域

聚腺苷酸化(PolyA) RNA测序可能是RNA-Seq中最常见的应用之一。在真核生物中，大多数蛋白质编码RNA (mRNA)和部分长链非编码RNA (lncRNA) (200 nt)含有聚(A)尾，这为从总细胞RNA中富集含聚(A)尾的RNA提供了技术便利，例如，可以选择锚链中寡聚-dT分子的磁性或纤维素珠进行富集[1]。

非聚腺苷酸化RNA-seq过程主要应用于FFPE样本中的原核mRNA和片段mRNA。对于上述种类的RNA -seq，主要问题是如何剔除核糖体RNA (rRNA)，这也是细胞中最丰富的RNA种类，很少有人关注。

从样品总RNA中提取rRNA的方法包括：(1)基于能与rRNA序列杂交的序列特异性探针，与生物素标记的DNA或锁定核酸(LNA)探针杂交，用链霉亲和素磁珠去除；(2)设计与rRNA序列互补的反义DNA寡核苷酸，然后用RNase H酶消化。

在常规的RNA-Seq文库制备过程中，随机六聚体引物扩增的双链cDNA直接作为模板制备文库。虽然简单可行，但丢失了RNA水平的链特异性信息。缺乏链特异性信息的文库不利于新RNA物种的检测和RNA表达水平的量化[1]。

Adaptase专利技术是埃德尔特IDT独有的，它允许在单链DNA上同时进行加尾和接头连接反应。高效且与模板无关的适应性酶反应可以降低碱基偏好性，提高文库覆盖率。该技术已应用于许多IDT埃德特文库构建试剂盒，包括xGen宽范围RNA文库制备(左)和xGen RNA文库制备(右)。两种RNA数据库构建试剂盒都可以接受广泛的样品起始量，并具有高质量和优秀的测序数据输出，深化和加速您的RNA-seq研究。在常规的RNA文库构建过程中，需要在合成的第二链cDNA上添加互补的成对“U”碱基，然后含有“U”碱基的模板被消化或无法扩增，最终得到链特异性文库。IDT在埃德尔特独家提供的RNA文库试剂盒，借助Adpatase技术，可以利用第一链cDNA模板构建链特异性RNA文库，无需常规的第二链cDNA合成。

稳定的文库产量，非常低比例的引物接头二聚体

埃德特IDT xGen广谱RNA文库制备采用专利Adaptase技术，因此不需要第二链cDNA合成和适配器浓度稀释。即使对于低初始量和低降解的样品，也可以确保高连接和转化效率，并且接头二聚体的比例更低。与另一个品牌的试剂盒相比(右图)，xGen广谱RNA文库制备文库在相同RNA初始量的情况下，质量更高。

更高的明率，更多的转录检测和更低的重复率

IDT埃德特xGen宽范围RNA文库制备结构制备的RNA文库在各种测序指标上具有优势：明率更高，检测到的基因和转录物更多，Dup率更低。即使初始样本量较低(10ng总RNA用于PolyA富集)，仍然可以获得高质量的测序数据，这样即使面对最具挑战性的样本，也可以获得理想的实验结果。

更低的初始要求和更统一的成绩单覆盖面。

即使初始样本量较低(10 ng总RNA用于PolyA富集，100 pg mRNA)，IDT埃德特xGen宽范围RNA文库Prep也能保证转录物覆盖的均匀性，从而提高有效转录组注释。

与不同的初始数量相比，检测到高度可重复的转录本。

在不同样本量的重复实验中，IDT埃德特xGen大范围RNA文库制备保证了转录检测和表达结果的高度一致性。

精准医疗领域

融合基因是一种与发生发展高度相关的基因变异。融合基因主要由染色体易位、缺失或倒位引起，表现为两个不同基因的部分或全部序列融合在一起，其表达产物为融合转录物。融合的基因往往是癌症驱动的基因。当调节细胞增殖、分化和凋亡的基因融合时，可能直接影响下游信号传递，导致细胞增殖增强，凋亡和分化紊乱，最终导致癌症的发生。