科学:新的研究发现了5504种新的海洋RNA病毒 使已知的RNA病毒数量增加了一倍 |
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来源:100医疗网原创2022-04-09 09336022
在一项新的研究中,一个国际研究小组通过分析海洋中的遗传物质,确定了数千种以前未知的RNA病毒,并将被认为存在的病毒类别(门)数量增加了一倍。相关研究成果发表在2022年4月8日的《科学》杂志上。
在一项新的研究中,一个国际研究小组通过分析海洋中的遗传物质,确定了数千种以前未知的RNA病毒,并将被认为存在的病毒类别(门)数量增加了一倍。相关研究成果发表在2022年4月8日的《科学》杂志上,题目是《地球RNA病毒体进化起源中的隐蔽而丰富的海洋病毒》。
从普通感冒病毒到冠状病毒新型冠状病毒,RNA在人体疾病中最为人所知。它们也是人类重要的植物和动物。这些病毒以RNA而不是DNA的形式携带遗传信息。RNA病毒的进化速度比DNA病毒快得多。尽管科学家们已经对自然生态系统中成千上万的DNA病毒进行了编目,但RNA病毒还没有被研究过。
然而,与人类和其他由细胞组成的生物不同,病毒缺乏可以用作基因条形码的独特短DNA链。没有这种条形码,试图在野外区分不同种类的病毒可能是一个挑战。
为了绕过这一限制,这些作者决定识别一种特殊蛋白质的编码基因,这种蛋白质使病毒能够复制其遗传物质。这是所有RNA病毒中唯一存在的蛋白质:RNA指导的RNA聚合酶(RdRp),因为它在它们如何传播自己的过程中起着重要作用。然而,每种RNA病毒在编码这种蛋白质的基因上略有不同,这有助于区分不同类型的RNA病毒。
RNA病毒组,来自微生物学前沿的图像,2017,doi 3336389/FM ICB。33330.86363836331
因此,这些作者选择了一个收集浮游生物RNA序列的全球RNA序列数据库,这些序列是在为期四年的塔拉海洋探险全球研究项目中收集的。浮游生物是任何能逆流而上的小型水生生物。它们是海洋食物网的重要组成部分,也是RNA病毒的常见宿主。他们的筛选最终确定了超过44,000个编码这种病毒蛋白的基因。
接下来,这些作者的下一个挑战是确定这些基因之间的进化关系。这两个基因越相似,带有这些基因的病毒就越有可能是近亲。由于这些序列在很久以前(很可能在第一个细胞之前)就已经进化了,所以表明新病毒可能是从一个共同祖先分裂出来的遗传标记已经随着时间的推移而消失了。然而,一种被称为机器学习的人工智能形式使他们能够系统地组织这些序列,并比人类任务更客观地检测序列差异。
这些作者鉴定了5504种新的海洋RNA病毒,并将已知RNA病毒的数量从5种增加到10种。这些新系列的地理制图表明,两个新分类群在广阔的海洋区域特别丰富,两个新分类群在广阔的海洋区域特别丰富,区域偏好于温带和热带水域(以Tara Oceans expeditions命名)或北冰洋(Taraviricota)。
这些作者认为,Taraviricota可能是科学家长期以来一直在寻找的RNA病毒进化中缺失的一环。它连接了RNA病毒的两个不同的已知分支,这两个分支在病毒复制的方式上是不同的。
这些新序列不仅有助于科学家更好地了解RNA病毒的进化史,也有助于理解地球早期生命的进化。
正如新冠肺炎疫情所展示的,RNA病毒会导致致命的疾病。但RNA病毒在生态系统中也发挥着重要作用,因为它们可以感染各种生物,包括在化学水平上影响环境和食物网的微生物。
绘制这些RNA病毒在世界上的生存位置,有助于了解它们如何影响驱动地球上许多生态过程的生物。这项新研究还提供了一种改进的工具,帮助科学家随着基因数据库的增长对新病毒进行编目和分类。
尽管已经发现了如此多的新RNA病毒,但确定它们感染的生物体仍然是一个挑战。目前,这些作者主要限于不完全RNA病毒基因组的片段,部分原因是其遗传复杂性和技术限制。
这些作者的下一步将是找出哪种基因可能缺失,以及它们如何随时间变化。揭示这些基因可能有助于科学家更好地了解这些病毒的工作机制。(100yiyao.com)
参考资料:
艾哈迈德扎耶德等人。科学,2022,doi :10.1126/science . abm 5847。
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