自然通讯:完成了胃肿瘤的全基因组研究

来源：互联网2022-10-11 14336048

GC0643基因在体外细胞系中的过表达显著抑制肿瘤细胞的生长、迁移和侵袭，抑制细胞周期进程，促进细胞凋亡，这种抑瘤作用可被基因的再次敲除所逆转。

近日，上海交通大学生命科学与技术学院魏朝春教授、上海交通大学医学院俞教授、朱正刚教授、上海中医药大学跨学科研究院陈教授、复旦大学肿瘤医院教授等单位的研究小组，共同完成了汉族人胃肿瘤的全基因组研究。相关研究论文《中国胃癌的泛基因组分析》于2022年9月15日在线发表于国际知名学术期刊《Nature Communications》。本研究将一种新的全基因组研究方法引入人类肿瘤基因组研究。通过构建人群泛基因组，然后以泛基因组为参照分析胃癌全基因组测序数据，发现胃癌个体基因组中的一些存在-缺失变异(PAV)与胃癌表型显著相关。研究结果为分析我国胃癌高发的分子遗传背景提供了重要参考。

上海交通大学医学院附属瑞金医院余教授、上海交通大学生命科学技术学院魏朝春教授、上海中医药大学跨学科研究院陈教授、瑞金医院朱正刚教授为本文合著者。瑞金医院余教授、复旦大学附属肿瘤医院教授、上海交通大学生命科学与技术学院董、段忠渠博士、医学院杨瑞新博士为共同第一作者。

2001年公布的人类参考基因组草案，由于其DNA样本取自少数个体供体，样本选择不充分，难以全面反映不同地区和民族的基因组多样性。泛基因组是指某一群体中所有个体基因组的总和，比单一的人类参考基因组更能反映遗传多样性。在人类疾病基因组学的研究中，以泛基因组为参照可能更合适。借助交大高性能计算中心的超级计算能力，我们的联合研究团队开展了基于泛基因组学的胃癌基因组跨学科合作研究。经过五年多的探索，先后完成了盘瓠的自主研发(基因组生物学，2019，20:149)和这种泛基因组学在胃癌基因组中的应用研究(自然通讯，2022，1:5412)。

本研究利用盘瓠分析了185对胃癌及癌旁组织的全基因组深度测序数据(共370个样本)，构建了包含人类参考基因组(GRCh38)和一个新的80.88 Mbp序列的胃癌全基因组。其中，新序列包含至少14个新基因。然后将个体基因组与泛基因组进行比较，鉴定胃癌患者个体基因组中的PAV。在胃癌人群中发现了总共261个非必需基因(在一个或多个个体中缺失或部分缺失的基因)，其中195个非必需基因属于邻近癌组织和癌组织共有的基因(186个位于人类参考基因组中，9个是新的序列基因)。将这些非必需基因与公共数据库中不同种族健康人的基因组测序数据集进行比较，发现某些非必需基因的存在或缺失会增加胃癌的易感性。比如胃癌人群中非必需基因ACOT1、GSTM1、SIGLEC14、UGT2B17的缺失率明显高于其他人群。

对于非参考基因组的新序列，研究组利用长阅读和测序数据，通过基因结构预测和染色体定位，成功找到了可定位于染色体9q34.2的GC0643基因。

GC0643基因在体外细胞系中的过表达显著抑制细胞的生长、迁移和凋亡

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