Nat Genet：通过表观遗传疗法激发转座子新抗原，推进癌症免疫治疗

在过去研究中，王艇团队发现，DNA甲基转移酶抑制剂（DNMT inhibitor）以及组蛋白去乙酰化酶抑制剂（HDAC inhibitor）的协同作用，能够最大程度地激活转座子【8】（图1A）。因此，本次研究使用了这两种试剂进行表观遗传疗法处理。在之前的泛癌分析中，研究者发现胶质细胞瘤中转座子的激活程度相对偏低【7】。同时，由于胶质细胞瘤基因突变较少，使得传统免疫疗法效果有限【9】。为了验证表观遗传疗法对转座子的激活效果，并为胶质细胞瘤提供新的治疗方法，研究者对3个胶质细胞瘤系进行表观遗传疗法处理（图1A，B），并同时对原代胶质细胞和原代纤维母细胞进行相同的处理，以分析疗法对正常组织的影响。

研究者应用自主开发的算法TEProf2（TE Promoter Finder 2）【7】，从转录组数据中识别出转座子-基因嵌合转录本，并通过使用原代胶质细胞和原代纤维母细胞为参照，筛选出73个仅在中被激活的TETs（图1B，2A）。与之前的研究成果相似，这些TETs在三个细胞系中高度重合【7】（图2A）。通过HLA-pulldown质谱数据，研究者成功检测到5个被呈递到HLA上的转座子新抗原。为了进一步提高检测灵敏度，研究者使用了PacBio长测序技术，从其中一个胶质细胞瘤干细胞系中发现了1,161个TETs，并从质谱中发现了18个转座子新抗原。鉴于表观遗传疗法会对全基因组产生影响并造成潜在的副作用，研究者成功利用CRISPRa技术对转座子进行定点激活。在两个胶质细胞瘤干细胞系中，他们成功激活了三个不同的转座子拷贝，观察到了显著的基因表达变化和蛋白表达，并通过质谱数据验证了其中一个TET产生的蛋白上包含转座子提供的氨基酸序列。

图1. （A）实验设计示意图（B）表观遗传疗法激活的转座子-基因嵌合转录本及其可能产生的抗原的数量分布（Credit:Nature Genetics）

图2.（A）表观遗传疗法激活的转座子-基因嵌合转录本在三个肿瘤干细胞系中的分布（B）从质谱数据中检测到的转座子新抗原在两个肿瘤干细胞系中的分布（Credit: Nature Genetics）

胶质细胞瘤作为一种极其恶性的癌症，由于基因突变少和转座子表达不足，免疫疗法在其治疗中的效果一直不理想。王艇教授团队以胶质细胞瘤为模型，成功证明了表观遗传疗法激活转座子，从而产生更多转座子新抗原的可能性，为将来表观遗传疗法和免疫疗法的联合治疗提供了理论基础。同时，通过加入原代胶质细胞和原代纤维母细胞作为对照，研究发现表观遗传疗法后也会导致正常组织中出现大量转座子的激活，为未来的相关研究，特别是临床研究，提供了重要参考。 尽管这项研究展现了表观遗传疗法激活转座子新抗原作为免疫疗法新靶点的潜力，但仍有一些不足之处需要注意。研究尚未在病人样本中验证这些新抗原的免疫原性，且由于仅使用了两个正常组织进行参考，无法全面地评估表观遗传疗法对其他正常组织的影响，无法完全确认TETs的肿瘤特异性。

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