PII芯片，千呼万唤始出来？

　　2015年3月11日讯/生物谷BIOON/--上周，基因组生物学技术进展年会(AGBT)在佛罗里达州马可岛举行，ThermoFisherScientific公司在会上发布了IonTorrent测序技术的最新进展情况。
　　在周六召开的公司工作会议上，IonTorrent研发副总裁AllanWilliams提前预告公司正在筹备IonPGM和IonProton平台的新产品和新应用。Williams讨论的主题包括姗姗来迟的ProtonPII芯片、PI芯片改进情况、IonProton的Hi-Q测序试剂、HLA测序等温扩增、AmpliSeq文库的直接制备（从血液样本），以及Ion测序技术与Cynvenio的LiquidBiopsy平台结合进行的肿瘤分析。
　　去年收购LifeTechnologies之后，ThermoFisher继续加大在IonTorrent上的投入。Williams表示，我们将针对靶向重测序和定量应用，"继续加强投入，力争全面改善测序通量、准确性和读长"。
　　PII芯片，千呼万唤始出来？
　　在去年的基因组生物学技术进展年会(AGBT)上，公司宣布计划在2014年将PII芯片投入早期试用并实现商业化。该芯片有望提高IonProton平台的测序通量。然而，缩小微孔意味着信号变弱，而大量数据从芯片上快速传出则意味着公司不得不重新设计该款芯片。
Williams表示，IonTorrent研发团队开始改良PII芯片已有约一月时间，并且计划在今年上半年投入早期试用，下半年全面进入市场。
该公司称，研发人员使用插入片段长度为125bp的人片段文库上样，单次PII芯片运行能得到40G数据，约350M读段，读长集中在115bp。商业化芯片的数据产量很可能为30G，200-300M读段，读长100bp。
　　公司已针对PII芯片的应用进行了测试，其中之一是使用IonAmpliSeq人转录组基因表达试剂盒进行定向转录组测序。该试剂盒可靶向检测约20000个来自于不同样本（包括福尔马林固定组织）的转录本。Williams表示，PI和PII芯片所得数据与传统RNA-seq所得数据显示出良好的相关性。
　　IonTorrent高级产品营销总监AndyFelton表示，PII芯片得到的读段质量目前足以满足计数应用需要，但在外显子测序应用方面仍稍显不足。Williams指出，PII芯片真正的优势并不在于数据质量的提高，而在于数据产量达到了PI芯片的5倍。
　　PII芯片一次运行花费不到1000美元，并且单次运行可多重分析24组AmpliSeq转录组样本或6组RNA-seq样本。
　　该公司还针对PII芯片的另一计数应用--母体血液中的游离DNA分析进行了测试。该反应使用插入片段长度为120bp的文库，并对21组样品进行多重分析，可鉴定出染色体非整倍体。
　　Williams表示，PII芯片在读长和准确性上"仍有进一步提升的空间"。
　　PI芯片升级完成
出于增加读长和数据准确性的需要，该公司对PI芯片进行了升级。芯片微孔结构（包括芯片表面化学试剂）的改变，使得PI芯片单次　　运行数据量将达到30G，60-80M读段，读长为400bp，准确率达到99%。
IonTorrent研发人员使用3张新的PI芯片完成了覆盖30X人类基因组的测序。Williams提到，公司计划在下半年为早期试用者提供试用版PI芯片，这为IonTorrent平台应用于全基因组测序（和更长读长的靶向panel的多重分析）"打开了大门"。
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