Genome Biol Evol：从新揭秘遗传暗码的纪律

2019年11月1日 讯 /100医药网BIOON/ --众所周知，细胞可以经过转录进程“解码” 其基因组DNA中包括的信息，并将其“翻译”为氨基酸，进而组装为卵白质。经过年夜量的试验，迷信家们找到了和核苷酸碱基分子与氨基酸分子之间的对应关系，并被称为“三联体”暗码子。这种编码规矩在退化上是非常保守的。例如，在简直一切生物中，暗码子“ AGA”对应着天冬酰胺。

但是，依据本年早些时分揭橥在《Molecular Biology and Evolution》以及本期《Genome Biology and Evolution》上的研讨标明，我们对这一规矩的看法能够还远远不敷。

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在四月份揭橥在《Molecular Biology and Evolution》杂志上的一项研讨中，来自蒙特利尔年夜学等机构的研讨人员应用生物信息学对象“CoreTracker”剖析了51种绿藻和海洋植物的线粒体基因组。Noutahi及其同事肯定了14个新的暗码子重分派机制，个中触及将一种氨基酸交换为另一种氨基酸的进程。这些新机制中绝年夜多半是在一种被称为Sphaeropleales的藻类中发明的。值得一提的是，这些藻类具有异常的线粒体基因组构造。

作者说，基因组学数据（基因组和响应的转录组）的疾速增加推进了遗传暗码退化范畴的成长。是以，“诸如CoreTracker之类的比拟/退化生物信息学法式如今不只可以猜测遗传暗码的偏离，并且还可以供给有关潜在机制的线索。”

依据他们的研讨成果，研讨人员提出，线粒体的遗传暗码变异实践上是招致其基因组异常化的缘由。基于该实际，在基因组复原进程中一些线粒体基因迁徙到核基因组之后，“ UCA”（平日编码氨基酸丝氨酸）被从新分派给终止暗码子。如许就弗成能将其他线粒体基因转移到细胞核，从而招致线粒体基因组的年夜小处于中等程度。

在Noutahi等人揭橥该文章之前，俄斯特拉发年夜学的研讨人员David Zihala和Marek Elias还发明了乳草目植物中遗传暗码的年夜量“变异”景象。在偶尔发明了新的遗传暗码之后，Zihala和Elias停止了零碎的挑选，以寻觅具有新的遗传暗码变体。像Noutahi等人一样，他们的办法包含依据相干基因组中存在的序列判定DNA序列和预期氨基酸之间的差别。相干成果揭橥在最新一期的《Genome Biology and Evolution》杂志上。

虽然所采取的办法略有分歧，但两项研讨的成果完整分歧。除了遗传暗码的改动，Zihala和Elias还判定了线粒体释放因子（一种辨认终止暗码子的卵白质）中的渐变，据Elias称，“能够与某些鳞翅目虫豸体外线粒体具有终止翻译的才能有关。”

总体而言，两项研讨的成果都标明，我们有需要对全部性命退化过程中遗传暗码的差别树立更深的看法。不然，从DNA序列揣摸卵白质序列时若呈现代码不准确的情形能够会招致卵白质序列猜测成果的禁绝确。”（100医药网100yiyao.com）

资讯出处：

原始出处：David ihala, Marek Eliá . Genome Biology and Evolution, 2019; DOI: 10.1093/gbe/evz210