茄子基因组研讨迈入高清时期

10月31日，由广西农业迷信院蔬菜研讨所研讨员王益奎领衔的研讨团队，于生物学论文预印本办事器BioRxiv在线宣布了染色体级其余高质量茄子基因组序列。该团队采取PacBio测序技巧，联合Dovetail Hi-C建库技巧与HiRise组装算法，取得了今朝持续性最好的茄科作物基因组，标记着茄子基因组研讨迈入了高清时期。茄子是茄科最主要的作物之一，在茄属植物中产量和经济价值居第三位。本次颁布的茄子参考基因组，Contig N50到达了5.3Mb，Scaffold N50 更是到达了93.9 Mb，序列总长度1155.8 Mb。“之前，日本和意年夜利的团队辨别揭橥了以二代测序技巧为主取得的茄子参考基因组。此次我们采取最新的三代测序技巧和Hi-C技巧，在组装质量和持续性上远远高于国外研讨团队的基因组版本。”论文通信作者、项目担任人王益奎说，“以比来意年夜利团队揭橥的茄子基因组为例，其Contig N50 为16.7Kb，而我们的基因组版本Contig N50到达5.3Mb，持续性进步300多倍。”经过比拟剖析发明，茄子物种特异的646个基因家族和364个阳性选择基因，付与了茄子特有的性状。研讨团队停止了抗病基因的全基因组判定，发明在茄子和辣椒中有一个扩大的雀斑抗性基因家族，而在番茄和马铃薯中没有。此外研讨团队发明在茄子、番茄和马铃薯基因组中，多酚氧化酶基因的染色体散布形式高度类似。高质量的茄子参考基因组序列不只有利于茄科植物的退化研讨，更为茄科植物的选育和改进供给了便当。该研讨获得国度天然迷信基金项目、广西科技严重专项、国度古代农业家当技巧系统广西年夜宗蔬菜立异团队项目标支撑。(100yiyao.com）