云南农业年夜学完成全球最年夜型葡萄属植物基因组学数据库

近日，国际著名期刊Molecular Plant在线揭橥了来自云南农业年夜学董扬传授课题组题为“VitisGDB： The Multifunctional Database for Grapevine Breeding and Genetics”的研讨论文（DOI：https：//doi.org/10.1016/j.molp.2020.05.002），标记着我国在葡萄属植物功效基因组学数据库扶植方面获得主要停顿。该结果为植物学家展开葡萄属植物比拟剖析与葡萄育种供给了无力的在线剖析对象。

葡萄是世界上最陈旧的果树树种之一，葡萄（Vitis vinifera ssp.vinifera）是葡萄属中栽培最多的生果作物，该属还含有约60种可育的野生种。活着界温带地域的原生栖息地中，北美约有28种野生葡萄种类，东亚约有30种野生葡萄品种。虽然葡萄栽培在人类汗青中具有主要的文明意涵及经济价值，但年夜范围基因组变异数据的缺少招致无法解析其驯化传达汗青，也严重障碍了葡萄的性状改进。

跟着全球越来越多葡萄属植物基因组的陆续解析，及相干重测序、转录调控等高通量数据的积聚，研讨者急切须要一个可以整合基因组、遗传变异数据、转录组和表型组等多条理数据的比拟对象，对葡萄属的特定生物学特点或基因家族的基因序列、构造等停止比拟剖析。为此，董扬传授和盛军传授、中科院植物研讨所李绍华传授协作，配合构建了首个葡萄属植物网站-VitisGDB（http：//vitisgdb.ynau.edu.cn/）。截至今朝，VitisGDB共收录了葡萄属7个物种共22个基因组组装成果；收录并处置了包含1641个重测序数据以及响应的表型信息；猜测判定出9395万个单核苷酸变异位点（SNP）以及9.7万个基因共线性关系。经过整合多种可视化组件与基因组在线比拟对象，该数据库将分歧类型的数据无机整合到了一路，为用户供给了敌对的数据检索、下载和在线剖析办事。论文在同业评断中，国际有名葡萄研讨任务者赐与极端高度的评价，以为该数据库是葡萄遗传资本范畴类今朝最片面和易用的数据库。该数据的上线，是我国葡萄资本的首个原创性数据库，为葡萄这种“一带一路”典范作物的协同研讨供给了主要的对象。(100yiyao.com）