武年夜团队开辟纳米孔靶向测序，最快10分钟“捕捉”新冠病毒

改过型冠状病毒性肺炎COVID-19疫情迸发以来，截至3月1日，全球累计确诊超8万人，逝世亡近三千例，但仍存在很多临床疑似病例无法确诊。武汉年夜学结合团队立异性开辟了孔靶向测序检测办法，能年夜幅晋升病毒阳性检出率，并能完成当天同时检测新冠和其他10年夜类、40种罕见呼吸道病毒并监测病毒渐变。 既往新冠病毒依附于qPCR核酸检测，然则该办法显示出较高的假阴性率和低敏理性，阳性检出率仅为30％至50％，从而招致临床高度疑似新冠沾染患者或低病毒埋伏的“假康复患者”检测“假阴性”景象频发。此外，qPCR核酸检测无法同时检测其他秋夏季高发、症状与新冠类似的其他呼吸道病毒，给疫情防控和患者分流治理带来极年夜挑衅。 身处疫区一线的专家学者看在眼里，急在心里。武汉年夜学药学院刘天罡传授，武汉年夜学国民病院李艳传授、余锂镭传授，武汉臻熙医学磨练试验室无限公司总担任人付爱思博士等敏捷组建结合团队，立异性开辟了孔靶向测序（Nanopore Targeted Sequencing， NTS）检测办法。NTS联合了病毒靶向扩增和孔测序长读长、及时数据输入的优势，初次完成测序后4小时内高敏理性、高精确性同时检测SARS-CoV-2和其他10年夜类、40种呼吸道病毒，其最低检测限高于今朝普遍应用的qPCR的100倍。同时，该办法还可完成对新型冠状病毒基因组变异情形停止检测，监控病毒变异惹起的毒性与传达才能改动的情形。 3月3日，团队将在预印版平台medRxiv揭橥题为Nanopore target sequencing for accurate and comprehensive detection of SARS-CoV-2 and other respiratory viruses（《纳米孔靶向测序精准片面检测新冠病毒以及其他呼吸道病毒》）的研讨论文。

团队在武汉新冠病毒定点病院应用NTS停止检测团队研发的NTS技巧的特色在于：它不局限于中国或美国疾病掌握中间（CDC）今朝在qPCR办法中推举的位点，而是将检测规模扩展到9个基因、12个位点，近10 kb区域，片面笼罩病毒基因组上次要基因区域，100%笼罩病毒基因组上毒力相干的主要基因，检测病毒基因组规模晋升100倍，从而明显进步检测敏理性和精确性。而qPCR办法仅针对病毒基因组上2-3个位点停止检测剖析，笼罩 0.5%病毒基因组，样本在采样、存储、检测进程产生中稍有偏向，会招致仅针对多数基因位点的PCR检测手腕的效力下降，甚至漏检，形成“假阴性”，且检测区域一旦产生变异，会形成检测成果掉效。

NTS与qPCR办法比较刘天罡引见，qPCR办法比如是用一把狙击枪去击打样本中的病毒核酸，有必定概率击不中，而NTS技巧不是用狙击枪，而是撒网，同时撒十几张网，如许能捕捉病毒核酸的概率年夜年夜添加，不只如斯，还能在捕捉的同时读出序列。如许，一次检测不只可以确诊能否新冠，并且其他罕见的呼吸道病毒，包含博卡病毒、鼻病毒、人世质肺病毒、呼吸道合胞病毒、冠状病毒、腺病毒、副流感病毒、甲型流感病毒、乙型流感病毒和丙型流感病毒等，也能同时检测出来，能为大夫分诊供给确实根据。更主要的是，还能检测在病毒传达时代与毒力相干的基因能否产生了渐变，从而敏捷为后续的风行病学剖析供给信息。 在研讨中，团队平行测试了NTS和qPCR两种办法。成果标明：45个临床高度疑似新冠沾染患者的样品，NTS共判定出34个阳性样品，比qPCR多出15个；16个临床已确诊新冠沾染患者中，NTS全体检测阳性，qPCR仅9个阳性。临床确诊样本显示，NTS比qPCR的阳性检出率晋升43.8%。 此外，关于高浓度病毒样本，NTS仅需测序10分钟即可检测阳性，即便极低浓度病毒样本，也仅需测序4小时完成检测，从收到样本到出具成果，全程掌握在6-10小时并且该技巧所需的纳米孔测序平台对试验室请求不高，个中最小测序仪MinION是便携式的，是以NTS也合适分歧级其余病院应用。(100yiyao.com）

【直播预告】纳米孔测序在人类学和罕有病研讨中的使用

【日期】2020/11/19 15:00