迷信家构建小麦基因定位与基因组研讨平台

近日，中国农业迷信院作物迷信研讨所小麦基因资本开掘与应用立异团队牵头构建了小麦基因定位与基因组研讨平台——WheatGmap（https：//www.wheatgmap.org），为高效克隆小麦功效基因提供了一个无效的数据应用、阐发和共享平台。相关研讨结果在线颁发于《分子动物（Molecular Plant）》。

据孔秀英研讨员引见，集群拆散阐发作为一种在拆散群体中鉴定目的基因的办法，因为具备高效、低本钱的优点被普遍利用。然而，关于缺乏配景的研讨者来说，深度阐发高通量测序得到的数据、正确选择最优算法、无效应用已颁布的海量数据成为以后利用集群拆散阐发办法进行小麦基因疾速定位和候选基因挑选的限速步调。是以，研发一个界面敌对、易操作的业余性数据处置平台将对推进小麦研讨有紧张利用意义。

该平台今朝整归并阐发了超过3500份六倍体小麦的高通量测序数据，包含全基因组测序（WGS）、外显子组测序（WES）和转录组测序（RNA-seq）数据。为了不便用户应用这些资本，网站整合了SNP-index、Euclidean distance （ED）、QTLseqr和varBScore四种集群拆散阐发模子。此外，网站集成了序列比对、基因正文、表白阐发、富集阐发等序列阐发和基因功效研讨罕用的对象。研讨职员以黄绿渐变体 ygl1 基因的疾速定位和克隆为例引见了群体构建、数据在线阐发、候选基因挑选等流程。WheatGmap为小麦研讨者提供了一个界面敌对、易操作的小麦基因定位与基因组研讨平台，整合了多种基于集群拆散阐发定位的模子和年夜量的数据，可以帮忙科研任务者应用集群拆散阐发办法进行小麦基因定位、克隆与功效研讨，也可以共享测序数据及表型数据。同时，跟着泛基因组期间的降临，后续还会对平台进行数据更新与降级，使其功效变得更弱小。

该研讨获得国度重点研发筹划、中国农科院科技立异工程和国度自然迷信基金等支持。(100yiyao.com）