从单细胞转录组中解析出人类肿瘤中的拷贝数和克隆亚构造

美国德克萨斯年夜学MD安德森癌症中间Nicholas E. Navin团队开辟出新办法，可从单细胞转录组中解析出人类中的拷贝数和克隆亚构造。该研讨于近日在线颁发于国内一流学术期刊《自然—生物技术》。

研讨职员表现，单细胞转录组学阐发被普遍用于研讨人类肿瘤。然而，将肿瘤微情况中的正常细胞类型与恶性细胞区离开并解析内的克隆亚构造仍旧具备挑战性。

为相识决这些挑战，研讨职员开辟了一种集成的贝叶斯联系办法，称为非整倍体肿瘤的拷贝数染色体核型阐发（CopyKAT），这个办法可能在高通量单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中以均匀5 Mb的基因组分辩率来预算基因组拷贝数。研讨职员使用CopyKAT阐发了21种中的46，501种单细胞，包含三阴性、胰腺导管腺癌、间变性甲状腺癌、浸润性导管癌和胶质母细胞瘤，并精确地（98％）区分了癌细胞与正常细胞类型。

在三种乳腺肿瘤中，CopyKAT解决了克隆性亚群，这些亚群在癌症基因（例如KRAS）的表白和特征（包含上皮到间质转化、DNA修复、和缺氧）方面有所分歧。这些数据标明，CopyKAT可以帮忙阐发各类实体人类中的scRNA-seq数据。(100yiyao.com）