研究人员开发了一个分子序列成分动态图谱数据库

来源：北京基因组研究所2022-01-01 20336008

生物的核酸和蛋白质分子的序列成分及相关特征(如GC/AG含量、密码子使用偏好性、蛋白质的理化性质等)。)对于研究基因功能和物种进化具有重要意义，是了解不同物种、不同基因家族、不同功能基因之间差异的数据基础。近日，由中国科学院北京基因组研究所国家基因组科学数据中心(国家生物信息学中心)开发的分子序列成分动态图谱数据库CompoDynamics正式上线，旨在对序列进行分析

生物的核酸和蛋白质分子的序列成分及相关特征(如GC/AG含量、密码子使用偏好性、蛋白质的理化性质等)。)对于研究基因功能和物种进化具有重要意义，是了解不同物种、不同基因家族、不同功能基因之间差异的数据基础。

近日，由中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息学中心)国家基因组科学数据中心开发的分子序列成分动态图谱数据库CompoDynamics正式上线，旨在全面、综合展示序列成分的动态变化，为基于多物种系统比较分析的进一步分子进化研究提供参考和启示。研究结果在线发表在《核酸研究》上，标题为化合物动力学：表征序列组成动力学的综合数据库。

CompoDynamics根据RefSeq数据库的基因组注释信息，分别在基因和基因组水平计算分析了3种序列成分特征(碱基组成、密码子使用偏好性、氨基酸组成)和3种相关序列特征(编码潜能、蛋白质的理化性质、相分离特征)。目前，CompoDynamics包含24，995个物种、34，562个基因组、1，692，647个基因和118，689，747个开放阅读框序列。每个序列或每个基因组都有一个专门的页面来详细显示特征，并在主页上按组件/特征分类显示。用户可以通过物种分类、物种名称、装配编号、基因序列号、蛋白质名称等进行搜索。此外，CompoDynamics还提供SpeciesComparator、FamilyComparator、GOComparator、Comp Analyzer四个在线比较分析工具，用于物种间、基因家族间、基因功能间各种成分/特征的比较分析，支持用户提供序列的计算分析，推动多成分特征和多维度分子进化研究。(100yiyao.com)

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