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CD:血检脑瘤一键全筛!科学家开发外周血cfDNA诊断模型,可有效识别全部胶质瘤亚型,AUC最高可达0.90

CD:血检脑瘤一键全筛!科学家开发外周血cfDNA诊断模型,可有效识别全部胶质瘤亚型,AUC最高可达0.90

来源:奇点糕 2025-06-01 15:39

在预测脑癌时,该模型能有效识别所有级别的胶质瘤患者(包括低级别胶质瘤、III级胶质瘤,以及胶质母细胞瘤),最高曲线下面积(AUC)可达0.90。

目前,的早期是存在很大困难的。导致这一现象的主要原因是脑癌症状(如头痛、恶心、头晕、记忆困难等)常常缺乏特异性,许多患者不能在初诊时得到及时,延误了关键治疗时机。因此,迫切需要开发准确、侵入性小且易于实施的筛查方法,助力脑癌的早诊早治。

近期,约翰 霍普金斯大学Dimitrios Mathios和Victor E.Velculescu团队就发表了一项重要研究成果。他们利用外周血游离DNA(cfDNA)片段组特征和重复基因序列,通过机器学习模型,开发出了一种诊断脑癌的新模型,ARTEMIS DELFI。

在预测脑癌时,该模型能有效识别所有级别的胶质瘤患者(包括低级别胶质瘤、III级胶质瘤,以及胶质母细胞瘤),最高曲线下面积(AUC)可达0.90。

研究发表在Cancer Discovery上[1]。

为了开发一个脑癌无创筛查模型,研究人员先是收集了505名参与者的血液样本(包括130例脑和375例非癌对照人群[即非肿瘤性神经疾病患者以及无癌症背景的健康筛查人群])作为发现队列,用于训练模型,然后再纳入了一个包含85名参与者(其中胶质瘤患者16例)的独立队列作为验证队列。

在开发阶段,研究人员通过分析发现队列所有参与者血浆样本中的全基因组cfDNA的片段特征和重复基因序列,再利用机器学习,开发出了一个结合该研究团队既往建立的DELFI方法(采血后分离3至5 mL血浆,对所含cfDNA进行低覆盖度全基因组测序,用于分析cfDNA的片段特征)与ARTEMIS方法(基于全基因组测序数据,分析并量化全基因组中1280个不同的重复基因序列)的复合模型,ARTEMIS DELFI,并计算了综合ARTEMIS DELFI评分,用于评估模型性能。

结果显示,在发现队列中,与非肿瘤性神经疾病患者和无癌症健康人群相比,低级别胶质瘤、高级别胶质瘤和其他系统患者的ARTEMIS DELFI中位评分明显更高(P值均 0.0001)。而进一步的分析显示,ARTEMIS DELFI评分升高与肿瘤增殖指数Ki-67有关,提示该模型能准确反映肿瘤生物学活性。

而在性能方面,研究发现,该模型可有效识别不同级别的脑瘤患者,其中识别低级别胶质瘤、Ⅲ级胶质瘤和胶质母细胞瘤时的AUC分别为0.88、0.85和0.90。这一诊断性能也在独立队列中得到了进一步验证(灵敏度为57%,特异度为81%)。

在检测优势方面,研究人员还将ARTEMIS DELFI模型与现有液体活检方法(即基于下一代超高深测序的cfDNA检测)进行了对比。在使用两种方法对49名脑癌患者进行检测后,研究人员发现,ARTEMIS DELFI对脑癌的检出率高达69%(34例阳性),而现有方法只有6%(3例阳性)。

最后,研究人员还评估了该模型在全民脑癌筛查中的应用潜力。利用蒙特卡洛模拟法,研究构建了一个理论模型,即假设每年有1000万人因头痛前往医院就诊,按照现有筛查流程,被诊断为继发性头痛的患者会接受CT等影像学的进一步检查,而若是确诊为原发性头痛的患者通常只建议复诊。

根据现有文献估算,继发性头痛人群中脑癌的年发病率为0.15%(大概1875例),原发性头痛人群中脑癌发病率为0.045%(大概3939例),按照当前筛查流程,目前只能识别约出1831例脑癌患者。但若能在原发性头痛人群中引入ARTEMIS DELFI模型进行检测,则可额外检测出约1692例脑癌病例,相当于将脑癌检测率提高了92%,更重要的是,使用该模型后,头部CT检查总数仅增加16%,提示该模型还具有一定的成本效益。

总之,该研究发现,基于外周血cfDNA的脑癌筛查新模型ARTEMIS DELFI,可有效提高脑癌的无创检测率,有望成为一种简便的脑癌早期筛查工具,助力脑癌的早诊早治。

参考文献:

[1]Mathios D,Niknafs N,Annapragada AV,et al.Detection of brain cancer using genome-wide cell-free DNA fragmentomes.Cancer Discov.Published online April 29,2025.doi:10.1158/2159-8290.CD-25-0074

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