Science:“打印”一颗心脏?斯坦福新突破!AI“画”出百万血管,让再生器官“活”起来 |
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生命之树 vs. 僵硬网格:一场关乎生死的灌注效率对决
人体内,绝大多数细胞都生活在距离最近的毛细血管不到100微米的地方。在那些新陈代谢旺盛的组织,比如心脏和大脑,这个距离甚至要缩短到20微米以内。这背后,是一套层级分明、如同大树般盘根错节的血管系统,它以最高效的方式,将氧气和营养物质输送到每一个角落,同时带走代谢废物。因此,任何一个想要在体外存活并发挥功能的 人造器官 ,都必须复刻这种树状的血管组织(Vascular Organization)。
在过去,生物打印领域的尝试大多采用简单的几何结构,如格子状或直线排列的管道,来模拟血管。这些 网格(Lattice) 设计虽然简单易行,但在模拟真实生物功能时却显得力不从心。为了直观地展示其间的优劣,研究人员进行了一场精彩的 灌注效率对决 。他们利用计算流体动力学(Computational Fluid Dynamics, CFD)模型,在一个立方体和一个人体心脏双心室(Biventricle)模型中,分别生成了传统的网格状血管和他们新开发的合成树状(Synthetic Tree)血管网络,并对两者在总血管体积固定的前提下进行了全方位性能比较。
首先是水力阻力(Hydraulic Resistance)的较量。阻力越大,意味着需要更大的压力才能驱动等量的液体(血液或培养液)流动,这直接关系到能量消耗和对组织的机械损伤。仿真结果显示,无论是简单的立方体还是复杂的双心室模型,网格状血管网络的整体水力阻力显著高于树状网络。这意味着,在同等流量下,驱动液体流过网格网络需要付出更高的 代价 。
接下来是更关键的流量分配均匀性(Flow Distribution Homogeneity)。一个理想的血管网络,应该像一个公平的分配系统,确保每个末端分支都能获得充足的流量。然而,仿真数据揭示了惊人的差异。在网格网络中,流量的分配极不均匀,其最低四分位数(Lowest Quartile)的血管流量,通常比树状网络中表现最差的血管还要低上两到三个数量级!这意味着网格网络中存在大量流量极低的 死胡同 ,这些区域的细胞将面临严重的 饥饿 状态。
流量分配的不均,直接导致了细胞养分供给(Solute Concentrations)的巨大差异。研究人员模拟了营养物质在血管内外的输运和消耗过程。他们发现,由于网格网络中存在大量低流速区域,营养物质在其中停留时间过长,导致血管内浓度大幅下降。当这些营养物质渗透到周围组织时,能够供给细胞的量就更少了。在可视化结果中,网格网络支撑的组织块呈现出大片颜色暗淡的 营养耗竭区(Solute Depletion Patterns) ,而树状网络则能维持组织内相对均匀、明亮的 营养充足区 。特别是在双心室这种具有薄壁(如室间隔)和不规则曲面的复杂几何体中,网格网络的性能缺陷被进一步放大,其低效的灌注表现暴露无遗,而树状网络则依然能高效地覆盖整个组织。
这场对决的结果不言而喻:仿生的树状结构在模拟生命系统的物质运输功能上,完胜了僵硬的几何网格。它不仅能量耗更低,更重要的是,它能实现更均匀、更高效的灌注,为组织内细胞的生存提供了坚实保障。这证明,要想制造出真正 活 的器官,我们必须师法自然,构建出如 生命之树 般精巧的血管网络。然而,要为动辄数千亿细胞的器官设计出包含数百万分支的血管树,其计算量之大曾是不可逾越的障碍。这正是该研究团队下一步要解决的核心问题。
极速生成背后的 魔法 :揭秘四大算法加速器
设计一个能完美贴合器官形状、并保证处处通畅的复杂血管树,传统算法,如约束性构造优化(Constrained Constructive Optimization, CCO),虽然原理上可行,但计算过程极其缓慢。在过去,生成一个包含数百个血管分支的模型,往往需要耗费数小时甚至数天的时间,这使得为整个器官规模的组织进行血管设计成为一种奢望。为了让梦想照进现实,研究人员巧妙地开发了一系列算法加速技术,将血管网络的生成时间缩短了惊人的230倍。
第一个加速器:部分绑定(Partial Binding),让计算 学会 偷懒
在血管树的生成过程中,算法需要不断地添加新的分支,并优化其位置和角度,以最小化整体的能量耗散。每一次优化,理论上都需要从树的根部(Inlet)到所有末梢重新计算一次水力阻力,这个过程的数据遍历是主要的计算瓶颈。对于一个有N个血管的树,传统方法的计算复杂度高达O(N ),即计算量随血管数量的平方增长。
研究人员引入了一种名为 部分绑定 的巧妙闭包(Closure)技术。它的核心思想是:当优化树的某个新分支时,树上那些未受影响的 旧 分支的水力学特性是不变的。因此,算法可以将这些不变部分的计算结果缓存起来,在后续计算中直接调用,而无需重复遍历。这种 智能缓存 机制,避免了大量的冗余计算。其效果立竿见影:算法的计算复杂度从O(N )骤降至最坏情况下的O(log(N))。这意味着,即使血管数量增加成千上万倍,计算时间的增长也极为缓慢。在一个包含8000个末端分支的平衡树中,这种新方法与传统的暴力有限差分法(Brute-Force Finite-Difference)相比,其计算结果的中位对齐精度(Median Alignment Accuracy)在所有分叉深度上都超过了60%,在深层分叉处更是高达95%以上,实现了速度与精度的完美平衡。
第二个加速器:部分隐式体积(Partial Implicit Volumes),告别繁琐的网格解析
真实的器官组织往往形状不规则,甚至包含空腔(如心室)和薄壁(如隔膜),这种非凸(Nonconvex)几何体对血管生成算法构成了巨大挑战。传统方法需要先将器官的三维模型网格化(Mesh),然后通过判断点是否在网格内来约束血管的生长。这个过程不仅耗时,而且对于复杂的几何体,网格的质量直接影响计算的稳定性和准确性。
研究人员扩展了最新的表面重建技术,提出了一种 部分隐式体积 方法。它不再需要一个完整的、全局性的网格,而是将复杂的器官表面分解成一系列局部的小块(Patches),并为每个小块定义一个隐式函数。在血管生成时,算法只需查询一个点是否在这些局部的隐式函数定义的体积内,就能快速判断其是否越界。这种方法巧妙地绕开了全局网格化带来的O(D N )高昂开销和潜在的病态条件(Ill-conditioning)问题。其查询速度远快于基于网格的方法,特别是在处理拥有大量数据点的复杂模型时,优势极为明显。借助这项技术,研究人员成功地在超过200个解剖学大脑区域和10种工程几何体(如环形、心形等)中快速生成了血管网络。一个惊人的例子是:在一个大脑皮层回(Brain Gyrus)的复杂几何体内生成一个包含8000个末端出口的血管树,使用该技术中位时间仅需15分钟,而文献报道的先前方法则需要59.96小时。这种效率的提升是革命性的。
第三个加速器:分级碰撞避免(Collision Avoidance),快慢结合的精确避障
在血管树 生长 的过程中,必须确保新生成的血管分支不会与已经存在的其他分支或组织边界发生 碰撞 。逐一进行精确的碰撞检测,计算成本极高。为此,研究人员设计了一套两步走的 分级过滤 策略。第一步,进行快速而粗略的筛选。算法使用一种廉价的、非定向的球形包围体(Sphere Proximity)来大致框定每个血管段,并利用高效的数据结构(如kd-tree或HNSW算法)快速检测是否存在潜在的碰撞风险。这一步能过滤掉绝大多数 安全 情况。第二步,仅对那些通过了第一步筛选、存在潜在碰撞风险的 嫌疑对象 ,才启动精确但计算昂贵的定向包围盒(Oriented Bounding Box, OBB)检测。这种 先粗后精 的策略,如同一个高效的安检系统,极大地减少了需要进行 精密检查 的次数。数据显示,即使血管树的复杂性不断增加,绝大多数潜在的碰撞都能通过最少的OBB检测来解决,从而保证了整个血管生成过程的高效与流畅。
第四个加速器:闭环血管网络(Closed-loop Vasculature),构建完整的循环系统
一个功能性的灌注系统不仅需要动脉(Arterial Tree)将富含营养的血液送达组织,还需要静脉(Venous Tree)将代谢废物带走。研究人员通过多目标优化(Multiobjective Optimization)方法,巧妙地使用三次贝塞尔曲线(Cubic B zier curves)将动脉树的末梢和静脉树的末梢连接起来,形成一个完整的闭环网络。这种连接方式能够在血管弯曲度、避免碰撞、贴合边界和维持血量之间取得平衡,即使在环形或双心室这样的非凸几何体中也能轻松实现。
通过这四大算法加速器的协同作用,研究人员将一个原本遥不可及的计算任务,变成了一个在普通计算机上数分钟到数小时内即可完成的常规操作。这为设计器官级别的、包含数百万血管的复杂网络铺平了道路,是实现生物制造从 实验室概念 走向 工业化生产 的关键一步。
从蓝图到现实:数字孪生与3D生物打印的完美协奏
一个优秀的血管网络设计,不仅要 画得快 、 画得好 ,更要能被真实地制造出来,并在物理世界中发挥预期的功能。为此,研究人员构建了一套从数字模型到物理实体的完整工作流,实现了 所见即所得 的验证。
第一步:创建 数字孪生(Digital Twin) ,进行多保真度血流动力学模拟
研究团队开发的平台不仅仅是一个几何图形生成器,它还能自动将离散的血管树数据,转化为可用于高级流体仿真的水密(Watertight)三维模型。这一过程整合了开源软件SimVascular的强大功能,实现了从分割、网格生成、边界条件设定到有限元模拟(Finite-element Hemodynamic Simulation)的全流程自动化。
更巧妙的是,他们引入了多保真度(Multifidelity)模拟的概念。对于庞大而复杂的血管网络,进行全尺寸的三维CFD模拟既耗时又没必要,因为其中绝大多数微小血管的血流处于低雷诺数(Reynolds Number, Re 50)状态,其行为可以用更简单的模型精确描述。因此,平台可以自动提取血管的中心线和截面信息,构建出一维(1D)和零维(0D)的降阶模型(Reduced-order Models)。通过这种多保真度策略,研究人员可以根据不同的分析需求,灵活选择最合适的仿真工具,对设计的血管网络进行全方位的 性能预演 。这个 数字孪生 系统,成为了连接设计蓝图与物理现实的桥梁。
第二步:挑战极限,打印百万级血管网络
为了展示其平台的强大扩展性,研究人员进行了一项令人震撼的大规模生成与打印演示。他们在复杂的双心室和环形几何体内,生成了分别包含10⁴、10⁵乃至10⁶(一百万)个末端血管的超大规模网络。其中,百万级血管树的生成耗时约5小时,其内部血管的直径范围从最大的1.2毫米一直延伸到最末梢的5微米。这一尺度范围与新生儿冠状动脉的形态学数据高度吻合,充分证明了该平台设计器官级血管网络的能力。更重要的是,通过计算,这些网络能确保组织内任意一点到最近血管的平均距离维持在180-190微米左右,这已经非常接近维持细胞存活的生理极限。
第三步:严苛验证,确保打印血管 通畅好用
打印出来只是第一步,血管网络必须是水密的(不漏水)并且可灌注的(通畅的)。研究人员采用一种名为FRESH(Freeform Reversible Embedding of Suspended Hydrogels)的先进打印技术,在一个平面上打印了一个包含四个血管分支的网络。通过光学相干断层扫描(Optical Coherence Tomography, OCT)技术,他们发现打印出的物理模型与原始数字设计之间的偏差极小,平均约为100微米。通过染料灌注,证明了血管的完整性和密封性。最后,利用粒子图像测速(Particle Image Velocimetry, PIV)技术直接测量了血管内流速,实验结果显示,三个主要分支的实际流量比率与CFD模拟的预测结果惊人地一致,有力地证明了其 数字孪生 模型的准确性和预测能力。
从快速生成百万血管的宏伟蓝图,到毫米级结构上流体流动的精确测量,这一系列环环相扣的演示与验证,充分展示了该模型驱动平台从设计、模拟、制造到验证的全链条能力,为最终的生物学应用奠定了坚实的基础。
终极考验:为实验室培育的组织 注入生命
所有前面的技术铺垫,最终都指向一个终极目标:这个精心设计和打印的血管网络,能否在真实的生物环境中,维持高密度细胞的存活?这才是衡量其价值的 金标准 。为此,研究人员设计并执行了一项巧妙而严谨的细胞存活实验。
一场有血管与无血管的生死对比
研究人员选择了一个环形(Annulus)组织模型,利用 嵌套嵌入式3D生物打印 技术分两步进行制造:首先打印混合了高密度人胚胎肾细胞(HEK 293 cells,密度高达1000万/毫升)的生物墨水环;随后,在环内部精确打印入一个由25个血管段组成的灌注网络。打印完成后进行固化和通道疏通,并分为三组进行为期7天的培养:灌注组(通过血管网络提供营养)、培养基对照组(无血管,直接浸泡在营养液中)、PBS对照组(无血管,浸泡在无营养的缓冲液中)。
灌注带来的惊人生命力
7天后,细胞活性染色结果令人振奋。在显微镜下,灌注组的核心区域呈现出大片代表活细胞的绿色荧光。而培养基对照组则显示出明显的 洋葱式 分层,广阔的核心区域几乎完全是代表死细胞的红色荧光,形成了一个巨大的 死亡核心 。
数据是最好的证明。研究人员对组织核心区域的活细胞数量进行了。结果显示,与培养基对照组相比,灌注组核心区的活细胞总数高出了惊人的417倍!在细胞存活率方面,灌注组核心区的平均存活率为37.8%,而培养基对照组的核心区存活率仅为0.4%。这一数据证明了,对于厚实的、高细胞密度的组织,仅靠外部浸泡式的营养供给是远远不够的,内部的血管化灌注是维持其生存的必要条件。
进一步的分析发现,在灌注组中,绝大多数活细胞都聚集在距离灌注通道边界约1000微米的范围内。这清晰地揭示了营养供给与细胞存活之间的直接因果关系。这项终极考验的成功,是整个研究的点睛之笔。它不再是计算机里的模拟或冷冰冰的模型,而是第一次有力地证明了:通过模型引导设计并3D打印出的合成血管网络,确实能够为工程化的活体组织 注入生命 ,支持其在高细胞密度下长期存活。这是从 制造 组织向 养活 组织迈出的关键一步。
不止于实验室:描绘器官制造的未来蓝图
这项发表于《科学》杂志的研究,为生物制造领域,特别是器官工程,提供了一个全面而强大的解决方案。它不仅仅是某一项技术的单点突破,而是整合了快速算法设计、多保真度物理仿真、先进3D打印技术和生物学功能验证于一体的综合性平台。它让我们离 按需制造器官 的梦想又近了一大步。
研究人员通过巧妙的算法创新,将设计器官级血管网络的时间从几天缩短到几分钟,让这一过程从理论上的可能变为了现实中的可行。他们创建的 数字孪生 系统,使得在投入昂贵的细胞和材料进行打印之前,就能对血管网络的性能进行精确的预测和优化,这与现代工程领域在建造飞机、大桥前必须进行仿真验证的理念不谋而合。而最终的细胞实验,则以无可辩驳的数据,证明了这种由模型驱动生成的血管网络,是维持大体积、高密度人造组织存活的关键。
当然,通往终极目标的道路依然漫长。研究中也提到,目前的技术在打印更小直径(微米级)的血管时,速度仍然较慢,且打印精度带来的微小瑕疵可能会导致血流不畅或堵塞。此外,如何诱导打印出的血管网络与宿主自身的血管系统实现无缝连接,以及如何整合淋巴管、神经等其他系统,都是未来需要攻克的难关。
然而,瑕不掩瑜。这项工作为未来的研究指明了清晰的方向。我们可以想象,在不久的将来,医生可以利用患者的CT或MRI影像数据,通过这个平台为他们量身定制一个功能完美、形状匹配的替代器官血管蓝图。在 数字孪生 系统中反复模拟、优化,确保其血流动力学性能最优后,再启动3D生物打印机,用患者自己的细胞, 打印 出一个全新的、不会产生排异反应的肾脏、肝脏甚至心脏。
这项研究,如同一位技艺高超的建筑师,为我们绘制出了构建 生命大厦 内部复杂 管道系统 的详细蓝图和高效施工方案。它扩展了我们在生物制造和患者特异性建模领域的想象边界,为解决全球性的器官短缺问题,带来了前所未有的希望之光。这场从计算机代码开始,到赋予细胞以生命的科学探索,正在为医学的未来,开启一个充满无限可能的新篇章。
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