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亚马逊参与新开发计算工具,助力COVID19研究

2020年4月5日讯/100医药网BIOON/---目前与冠状病毒感染相关的科学论文有1万多篇,最近几周来,防治COVID-19的研究正在加速,已经有4000多篇新的学术论文发表,涉及潜在的疫苗、疗法等多方面。要想快速推进这方面的研究,依靠人工处理这么大的信息量是低效的。对此,IRB巴塞罗那的结构生物信息学和网络生物学实验室在ICREA研究员Patrick Aloy的带领下,与亚马逊公司联合开发了一种计算工具,将加快这一进程。利用人工智能,这个工具将 "读取 "所有这些文章,并提取所有与所研究的分子和治疗相关的信息。

通过对最相关的科学文献进行有限的审查,IRB巴塞罗那的研究人员到目前为止已经确定了150多种化合物---有不同程度的实验证据--有可能对COVID-19具有潜在的活性。现在的目标是寻找其他具有类似于这些特征的药物,从而扩大了感兴趣的分子组合,并增加了确定一种具有高疗效的可能性。研究结果已经在sbnb.irbcelonabarbarcelona.org/covid19/上公布。

(图片来源:Www.pixabay.com)

"我们现在需要的是研究小组用COVID-19治疗方法来介绍他们的结果,"Aloy解释说。"新的分子将每天自动纳入一次,因此,整个科学界将有最新的数据,这将有助于避免重复,并将产生新的假说,这将有助于找到最终的治疗方法。"

The Chemical Checker是一个计算工具,可以提供100万个具有药理潜力的分子的信息。"Chemical Checker旨在处理和编码不同化合物对生物体的影响的复杂数据,以便将其纳入新的人工智能技术中,"IRB巴塞罗那小组的研究员、该研究的第一作者Miquel Duran说。

在短短一周多的时间里,Aloy的实验室和亚马逊建立了合作关系,使这一生物信息学工具得以微调。"我们很高兴能将人工智能能力运用到针对COVID-19的药物发现上,"亚马逊搜索科学和AI小组的Hugo Zaragoza说。亚马逊在文本挖掘、机器学习和自然语言理解方面的经验,使得科学文章的自动分析被快速纳入到化学检查器中。"与亚马逊的合作是这个工具能够如此快速地启动和运行的关键。如果没有它的AWS云计算和文本处理能力,这根本不可能实现。"Aloy说。

结构生物信息学和网络生物学实验室还参与了欧洲的RiPCoN项目,该项目致力于鉴定病毒用于扩展的人类蛋白质。该项目旨在确定能够调节病毒活性和阻止病毒复制的药物(已经上市或临床试验)。

IRB Barcelona还在进行与COVID-19相关的其他项目。其中一个项目致力于开发一种快速、简单的诊断测试,以检测该病毒,另一个项目则侧重于开发一种针对COVID-19的喷雾疗法。此外,还有一个项目是通过寻找治疗急性呼吸窘迫综合症(冠状病毒感染致死的主要原因)的方法来降低COVID-19的死亡率。(100医药网 100yiyao.com)

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