应用全基因组测序提醒CRISPR / Cas9在葡萄上的中靶效应

近日，Horticulture Research在线颁发了东南农林科技年夜学葡萄种质资本与育种团队王西平课题组题为“Whole genome sequencing reveals rare off-target mutations in CRISPR/Cas9-edited grapevine”的研讨论文。青年教员王现行与涂明星博士为该文第一作者，王西平传授为通信作者。

该研讨对3株家养型（WT）与7株Cas9渐变葡萄株系进行了全基因组测序阐发（Fig. 1）。与3株家养型相比，在7株Cas9渐变葡萄株系中鉴定出202，008至272，397个单核苷酸渐变（SNP），以及26，391至55，414个拔出/缺失渐变（indels）。随后，应用在全基因组范畴鉴定到的3，272个潜在中靶位点进行下一步深化阐发。终极，仅发现一个中靶的渐变（indel），并应用Sanger测序证明。另外，研讨职员阐发了转基因所用无核白基因组与葡萄参考基因组（PN40024）之间的变异，发现了243个新的潜在中靶位点，随落后一步在7个渐变资料中进行验证，终极并没有发现真正的中靶位点。以上成果标明，CRISPR / Cas9在葡萄上具备高特同性，在葡萄抗逆基因的开掘及分子育种上具备紧张的利用代价。

葡萄活着界范畴内普遍莳植，是紧张的经济果树之一。然而，每年受生物与非生物钳制影响损失微小，培养优质、抗逆的葡萄新种类具备紧张的事实意义。生物技术育种可以极年夜地延长育种周期，具备紧张的利用代价，而相关育种技术的缺乏限定了葡萄分子育种的过程。近年来，CRISPR/Cas9技术倒退迅速，团队后期曾经胜利在葡萄上树立了高效的CRISPR/Cas9基因编纂系统，证实了CRISPR/Cas9技术可以在葡萄上完成单个或多个基因的打靶以及准确的年夜片断敲除，这为葡萄抗逆基因的开掘及分子育种提供了紧张的妙技（Plant Biotechnology journal，2018，16：844-855）。然而，潜在的中靶危险影响CRISPR/Cas9技术在葡萄上的普遍利用，是以评价其在葡萄上的中靶效应，具备紧张的实际和实践意义。(100yiyao.com）