生物多样性疾速监测办法研讨中取得停顿

近期，中国迷信院昆明植物研讨所研讨员Douglas Yu课题组在Methods in Ecology and Evolution（MEE）上颁发了第一篇描写“生物多样性汤（Biodiversity Soup）”这一高通量条形码技术流程的论文。如今，高通量条形码技术在情况维护和治理相关决议计划研讨中的实用性已得到普遍共鸣，然则若要在更广的畛域利用该办法，还必要进一步削减PCR扩增、文库构建以及测序带来的差错和偏好。

近日，课题组在后期研讨的根底上，进一步改良了高通量条形码技术流程，进步了运算速率，并能削减成果中的假阳性（如标签错配、嵌合体、差错序列）和假阴性。新流程改良了高通量条形码的试验设计和阐发，使用双胞胎标志法双向标志引物，将每个样本都进行屡次自力的PCR扩增，且通过qPCR来优化终极使用的退火温度和轮回数。在阐发部门，采取的是Begum，它在样本拆分时可以疏忽为了测序中均衡碱基而增加在标签上的几个碱基，并许可引物序列的错配且进步了运算速度。Begum可去除因为标签跳动所发生的假阳性序列，以及通过设置多个PCR反复和某一序列的反复呈现次数来过滤PCR和测序等发生的差错序列。

昆明植物所助理研讨员杨春燕为论文第一作者，Douglas Yu为论文通信作者。为了让更多人能培训、验证并设计得当本人的高通量条形码流程，论文（标题：Biodiversity Soup II： A bulk-sample metabarcoding pipeline emphasizing error reduction）还提供了研讨顶用于构建生物多样性汤一切物种的序列、Illumina测序数据、完全的阐发敕令剧本，以及用于引物标签设计的表格和指南。(100yiyao.com）