科研职员开辟出同时候析全基因组DNA甲基化与遗传变异的办法

中国迷信院北京性命迷信研讨院研讨员孙中生团队与北京年夜学病院单干，在Briefings in Bioinformatics上，颁发了题为A new roach to decode DNA methylome and genomic variants simultaneously from double strand bisulfite sequencing的最新研讨结果。该研讨开辟出可以同时精准阐发全基因组DNA甲基化、半甲基化与遗传渐变的新办法，为从遗传和表观角度解析疾病及性命征象的产生倒退进程提供了一个无效且靠得住的对象。

遗传及表观遗传变异可能交互作用，在疾病及性命征象的产生倒退进程中发扬紧张作用。DNA甲基化作为一种次要的表观修饰模式，具备克制转座子活性、节制基因组印迹及调控基因表白等多种生物学功效。全基因组亚硫酸盐测序应用亚硫酸盐反转所招致的C T转变来定量单个位点的甲基化程度，是检测DNA甲基化组的经典办法。基于此，一些研讨开辟了从亚硫酸盐测序数据中辨认单核苷酸渐变的。然而，由于C T渐变是群体中最普遍存在的变异（如人类dbSNP数据库中35%的单核苷酸变异是C T），以是这些并不克不及从现有的全基因组甲基化测序数据中精确辨认C T渐变，也无奈解决亚硫酸盐翻转失败以及比对差错所形成的假阳性成绩。群体中这些普遍存在的C T渐变为此类位点甲基化程度的准确丈量也带来了挑战。

针对现有全基因组DNA甲基化阐发存在的缺陷，孙中生团队在恒久从事表观基因组新技术研发及利用的任务根底上，开辟了一种无效且靠得住的在全基因组中解析DNA甲基化和遗传变异的新办法——DSBS。该办法通过应用发夹状的接头将亚硫酸盐处置后的DNA两条链连贯在一路，高通量测序后，通过生物信息阐发流程（https：//github.com/tianguolangzi/DSBS）可以同时检测来自于统一条双链DNA的两条DNA链，完成从一套测序数据中同时精准阐发DNA甲基化程度和单核苷酸变异。绝对于今朝表示最好的从全基因组甲基化测序数据中检测单核苷酸变异的阐发软件BS-SNPer，DSBS将单核苷酸变异的检测敏锐度从75.2%提升至92.4%，将精确度从77.7%提升至92.7%。在DNA甲基化检测的精确性方面，DSBS与今朝DNA甲基化检测“金尺度”MethylC-seq检测DNA甲基化程度的相关性到达0.95，且具备较高的技术反复性。为从遗传和表观遗传角度解析性命征象及疾病的产生倒退进程提供了无效的对象，标明了在群体表观研讨中思索配景的紧张性。(100yiyao.com）