针对新冠病毒SARS

7.

doi:10.1038/s41586-020-2008-3

在一项新的研究中，来自中国复旦大学、中国疾病预防控制中心、华中科技大学和武汉市疾病预防控制中心的研究人员研究了一名在这家海鲜市场工作的患者，该患者于2019年12月26日入住武汉市中心医院，出现了严重的呼吸综合征，包括发烧、头晕和咳嗽。相关研究 结果于2020年2月3日在线发表在Nature期刊上，论文标题为“A new coronavirus associated with human respiratory disease in China”。重要的是，Nature期刊在2020年1月7年收到这篇论文的手稿，1月28日就接受了这篇论文，并以“加快评审文章（Accelerated Article Preview）”的形式在线发表了这篇论文。论文通讯作者为复旦大学公共卫生学院张永振（Yong-Zhen Zhang）教授。

这名接受研究的患者是一名41岁的男性，无肝炎、结核病和病史。他在病发六天后即2019年12月26日入住武汉市中心医院。这名患者在就诊一周后就出现发烧、胸闷，无力咳嗽、疼痛和虚弱。心血管、腹部和神经系统检查均正常。观察到轻度的淋巴细胞减少（每 立方毫米少于900个细胞），但在全血细胞计数（CBC）测试中，白细胞和血小板计数正常。在血液化学测试中，观察到C反应蛋白（CRP，血液41.4 mg/L，参考范围0～6 mg/L）升高，并且天冬氨酸转氨酶、乳酸脱氢酶和肌酸激酶的水平略有升高。动脉血气（ABG）测试显 示这名患者患有轻度低氧血症，血氧水平为67mmHg。在入院的第一天（发病后第6天），胸部X线照片异常，伴有气腔阴影，如磨玻璃样阴影（ground glass opacity），双肺局灶性实变和斑片状实变。CT扫描显示双侧局灶性实变、大叶性实变和斑片状实变，尤其是下肺 。胸部X线照片显示入院后第5天（发病后第11天）双侧弥漫性斑块状的模糊阴影。 为了研究与这种疾病相关的可能病原体，这些研究人员收集了支气管肺泡灌洗液（BALF）并进行了深度宏转录组测序。这名患者的临床样本在上海公共卫生临床中心的生物安全3级实验室中进行处理。从200μl BALF样本中提取总RNA，并使用Illumina MiniSeq进行双端（ 150 bp）测序，从而构建出宏转录组文库。他们总共产生了56565928个读取序列（sequence read），从头开始组装这些读取序列并筛选潜在的病原体。在利用Megahit组装出的384096个片段重叠群（contig）中，最长的片段重叠群（30474个核苷酸[nt]）具有很高的丰度 ，并且与之前在中国采样获得的蝙蝠SARS样冠状病毒分离株bat-SL-CoVZC45（GenBank登录号MG772933）具有密切的亲缘关系，核苷酸序列同一性为89.1％。这种新型病毒的基因组序列及其末端分别通过RT-PCR9和5"/3" RACE Kit（TaKaRa）加以确定和确认。它被命名为 WH-Human 1冠状病毒（WHCV，也被称为2019-nCoV）。它的全基因组序列（29903 nt）的GenBank登录号为MN908947。将这些RNA测序（RNA-seq）数据与这种组装出的WHCV完整基因组进行重新映射导致123613个读取片段发生组装，并且在平均深度为6.04X（范围：0.01X- 78.84X）的条件下可实现99.99％的基因组覆盖率。

为了更好地了解WHCV感染人类的潜力，将它的刺突蛋白（S）的受体结合结构域（RBD）与SARS-CoV和蝙蝠SARS样冠状病毒中的RBD进行了比较。WHCV的RBD序列与SARS-CoV的RBD序列（氨基酸一致性为73.8％～74.9％）和包括毒株RB4874、Rs7327和Rs4231在内的能够利用人 ACE2受体进入细胞的SARS样冠状病毒（氨基酸一致性为75.9％～76.9％）存在更为密切的亲缘关系。此外，WHCV RBD仅比SARS-CoV RBD长一个氨基酸。相反，与SARS-CoV相比，包括毒株Rp3在内的不能使用人ACE211的其他蝙蝠SARS样冠状病毒在473-477和460-472位点发生 氨基酸缺失。先前确定的与人ACE2（PDB 2AJF）结合在一起的SARS-CoV RBD的晶体结构显示，区域473-477和460-472与人ACE2直接相互作用，因此可能在确定物种特异性中起着重要的作用。

在这篇论文中，这些研究人员从中国武汉市一名患有严重呼吸系统疾病的患者的BALF样本中描述了一种新型冠状病毒：WHCV（2019-nCoV）。系统进化树分析表明WHCV是β冠状病毒属（Sarbecovirus亚属）中的一种新型病毒，因此与SARS-CoV1表现出一些基因组和系统进 化相似性，尤其是在RBD中。2019-nCoV与SARS-CoV之间存在的基因组和临床相似性，以及它在临床样本中的大量存在，为WHCV与武汉市正在发生的呼吸道疾病疫情之间存在关联性提供了证据。尽管仅从一名患者中分离出这种病毒不足以得出导致呼吸道症状的结论，但是这些发现已在其他患者中得到独立证实。

8.

doi:10.1038/s41586-020-2169-0

世界范围内正在爆发的SARS-CoV-2引起的肺炎COVID-19正在给全球人民带来巨大的灾难，了解其来源对于开发治疗和防止以后的再次流行具有重要意义。尽管蝙蝠很可能是SARS-CoV-2的宿主，但是我们仍然不知道可能促进其转移到人类身上的中间宿主。3月26日，香港大学/汕头大学联合病毒研究所著名病毒学家管轶教授领衔的团队在Nature杂志上发文，报道了他们在马来亚穿山甲中发现与SARS-CoV-2相关的冠状病毒，他们在来自马来亚穿山甲的样品中发现了SARS-CoV-2相关冠状病毒的两个亚种，包括一个在受体结合域与SARS-CoV-2表现出很强的相似性(97.4%)，这些结果表明穿山甲可能是新型冠状病毒转染给人的中间宿主。该研究题为“Identifying SARS-CoV-2 related coronaviruses in Malayan pangolins”。

Nature (2020). https：//doi.org/10.1038/s41586-020-2169-0。 研究人员先对2017年8月至2018年1月来自广西的18只马来亚穿山甲的冷冻血液样本以及肺、肠样本进行了分析。通过RNA高通量测序，研究人员发现43个样本中有6个样本(两个肺，两个肠，一个肺肠混合，五只穿山甲的血液)存在冠状病毒。

通过序列数据并用扩增子测序填充间隙后，研究人员进行了系统发育分析，最终得到了六个属于SARS-CoV-2谱系的完整的或接近完整的基因组序列--GX/P1E、GX/P2V、GX/P3B、GX/P4L、GX/P5E和GX/P5L。病毒分离出的序列(GX/P2V)的基因组序列与原样本的宏基因组测序得到的5个序列具有很高的相似性(99.83-99.92%)，均具有与SARS-CoV-2相似的基因组框架，共有11个预测开放阅读框。

接下来研究人员对2018年5月至7月对收集到的另一批穿山甲标本进行了qPCR检测，来自12个动物的19个样品中，有3个样品出现了冠状病毒。（100医药网 100yiyao.com）