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人类遗传学研讨发明了不计其数个基因座的变异与庞杂的人类疾病之间的联系关系。特殊是,对基于三重基因的全外显子测序(WES)的剖析标明,存在年夜量的从头损失功效的变异,这些变异招致了神经发育病理的风险,包含自闭症谱系妨碍和神经发育延迟(ASD / ND) 。与经过全基因组联系关系研讨(GWAS)肯定的罕见变体比拟,此类从头风险变体平日具有较年夜的效应量,高度浸透性,并呈现在基因的编码区域内,是以为疾病建模和机制研讨供给了症结的切入点。
然则,次要的挑衅依然是肯定很多风险基因中每个基因的感化点。例如,ASD / ND包含具有高度异质奉献的神经发育妨碍的普遍聚集,包含数百种高度浸透的从头风险新变异基因。此外,这些基因编码的基因产品的功效也存在很年夜差别,从而扫除了对年夜脑发育进程中潜在的脑细胞类型,发育进程和分子门路的明白先验猜测。
这些风险基因很少在植物或细胞模子中停止研讨,是以,它们在年夜脑发育进程中的功效仍知之甚少。因为生成和剖析单个基因敲除植物模子以停止功效研讨的休息密集型和耗时的性质,是以开辟可扩大,通用,高分辩率的表型判定组织辨认办法至关主要。
为懂得决这些挑衅,2020年11月27日,博德研讨所的Paola Arlotta、张锋、Aviv Regev及Xin Jin等在Science 在线揭橥题为“In vivo Perturb-Seq reveals neuronal and glial abnormalities associated with autism risk genes” 的研讨论文,该研讨使用了一种可扩大的挑选办法,体内Perturb-Seq,功效上评价了35个自闭症谱系妨碍/神经发育延迟(ASD / ND)从头开端损失功效的风险基因。
该研讨开辟了一种可扩大的遗传筛查办法体内Perturb-Seq,以在体内庞杂组织中以单细胞分辩率研讨年夜量基因的功效。该研讨在小鼠子宫内使用了Perturb-Seq,以研讨一组ASD / ND风险基因对年夜脑发育的影响。该研讨使用了一种可扩大的挑选办法,体内Perturb-Seq,功效上评价了35个自闭症谱系妨碍/神经发育延迟(ASD / ND)从头开端损失功效的风险基因。
应用CRISPR-Cas9,该研讨在子宫内发育中的小鼠年夜脑内的库中的这些风险基因中引入了移码渐变,然后对产后年夜脑中受扰动的细胞停止单细胞RNA测序。 该研讨从神经元和神经胶质细胞分类中判定了细胞类型特异性和退化保守的基因模块。 基因模块和细胞类型在全部扰动中都遭到影响,代表了跨ASD / ND风险基因集的症结细胞效应。 体内Perturb-Seq可以研讨多样化的渐变若何影响发育中生物的细胞类型和形态。
别的,2020年9月16日,张锋团队在新英格兰医学期刊(NEJM)揭橥题为:Detection of SARS-CoV-2 with SHERLOCK One-Pot Testing 的文章,张锋团队颁布了进级版基于SHERLOCK技巧的新冠病毒检测流程——STOPCovid.V2。进级版的STOPCovid.V2在原有根底上更进一步,在样本制备的进程中经过参加磁珠富集样本中的RNA,从而经过进步PCR反响的肇端RNA数目,进一步进步了STOPCovid.V2的检测敏锐度。此外,2.0版还精简了磁珠富集RNA的操作步调,去除了乙醇清洗和洗脱进程,让全部RNA富集进程不超越15分钟。最初,研讨团队停止了一项双盲检测,对202个新冠病毒阳性和200个新冠病毒阴性鼻咽拭子样本的检测成果标明,STOPCovid.V2可以到达93.1%的敏锐度和98.5%的特异性。且阳性样本只需15-45分钟就能取得成果(点击浏览)。
2020年8月28日,博德研讨所张锋团队在Science 在线揭橥题为“Diverse enzymatic activities mediate antiviral immunity in prokaryotes”的研讨论文,该研讨经过零碎的进攻基因猜测和异源重组,发明29种普遍的抗病毒基因盒,配合存在于32%的一切已测序细菌和古基因组中,它们介导了针对特定噬菌体的维护。这些零碎联合了以前没有介入抗病毒进攻的酶促活性,包含RNA编纂和卫星DNA分解逆转录。 此外,该研讨在盘算上猜测了仍有待判定的各类其他推定进攻基因。这些成果凸起了微生物对病毒应用的年夜量分子功效。该研讨关于懂得天然微生物种群中的抗病毒抗性和宿主病毒互相感化以及技巧使用(例如开辟抗菌医治剂,核酸编纂,分子检测和靶向细胞毁坏)具有普遍的意义。
2020年3月17日,博德研讨所张锋团队在Molecular Cell 在线揭橥题为“Highly Parallel Profiling of Cas9 Variant Specificity”的研讨论文,该研讨该研讨描绘了基于标签的标签整合位点测序(TTISS)办法,这是一种无效的,可扩大的剖析双链断裂(DSB)的办法。该研讨将其并行使用于跨59个靶标的8个Cas9变体。此外,该研讨生成了不计其数个其他Cas9变体,并挑选了具有加强的特异性和活性的变体,从而肯定了LZ3 Cas9,这是一种具有独一+1拔出形式的高特异性变体。总之,这项片面的比拟提醒了Cas9活性和特异性之间的普通衡量,并供给了有关+1拔出发生频率的信息,这对改正移码渐变具有影响。
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