Cell: 研讨提醒SARS

2021年4月1日讯/100医药网BIOON/---自COVID-19疫情产生至今，曾经有多种新型的变异毒株被发现，它们表示出比原始毒株更强的传达力度。此中，一种名为 “501 Y. V1; B.1.1.7” 的毒株携带N501Y渐变，该毒株最早于2020年春季在英国境内呈现，之后传达至少个欧洲国度。无独占偶，南非以及巴西境内也鉴定出带有N501Y渐变的变异毒株，别离为 “501Y.V2; B.1.351” 以及 “501Y.V3; P.1” 。然而，来自英国境内的B.1.1.7变异毒株刺突卵白同时存在其它一些渐变标记，此中包含69-70，144位点的氨基酸缺失以及A570D, P681H, T716I, S983A以及D1118H。

(图片起源：www.cell.com)

研讨标明，B.1.1.7毒株具备比原始毒株更强的传达才能，其相比其它毒株的成长速度也要高40%-70%。尽管B.1.1.7毒株切实其实切泉源至今仍旧不分明，但英国境内年夜规模的基因组学阐发成果标明其更强的传达力与N501Y渐变之间存在分割。 在比来颁发于《Cell》杂志上的一项研讨中，来自美国Scripps研讨所的Kristian G. Andersen博士等人对B.1.1.7毒株在美国境内的风行趋向与传达动静特征进行了详尽的阐发，愿望可能对环球疫情的防控以及新型抗病毒疗法的开辟提供思绪。

因为69-70氨基酸缺失渐变会招致在相关检测中出现阴性成果（被称为S gene target failure，SGTF），对此，研讨者们对一年以来搜集获得的患者样本进行了惯例检测以及SGTF检测，试图寻觅B.7.1.1渐变毒株在美国境内的来源与风行趋向。

起首，作者对自2020年7月份以来搜集到的SARS-CoV-2阳性样本（年夜约50万份）进行了SGTF阐发，成果标明：2020年十月份上旬，SGTF的占比维持在较低程度，跟着天天1.4%的SARS-CoV-2检测阳性率，SGTF的占比从2021年1月份的0.8%回升至仲春中的10.6%。

为了进一步验证基于SGTF的阐发成果，作者进行了更为详尽的测序阐发。成果显示，在统共归入测序阐发的986份SGTF阳性样本中，有662份样品存在69-70位点的缺失渐变，占比为67%。 此外，这些测序成果显示阳性的样本同时具有其它契合B.1.1.7的序列特征，此中包含144位点的氨基酸缺失以及A570D, P681H, T716I, S983A以及D1118H渐变。然而这些样本序列中不存在B.1.351或P.1渐变株的相关特征。

（图1. 基于SGTF检测与测序阐发评价B.7.1.1的占比与风行趋向）

之后，作者比拟了B.1.1. 7毒株与其它毒株在美国境内的传达速度。成果显示，B.1.1.7在全美境内的对数成长率为7.5%/天，以5.5天的距离盘算，转换之后的传达率为41%。 基于上述成果，作者以为要是B.1.1.7在美国境内持续坚持上述传达速度，将在不久之后成为最主流的风行毒株。

为了探求B.1.1.7何时传入美国境内，作者将662份测序样本与292份境外测序样本归并进行贝叶斯运算。成果显示，年夜部门美国境内的B.1.1.7毒株序列可以分为两个类群，别离来源于加利福尼亚与佛罗里达。此中最早传入美国境内的毒株来源于加州，光阴约为2020年12月1日。在接上去的几个月中又别离从佛州，佐治亚，宾州，纽约州等地接踵传入。通过火析分歧地域的B.1.1.7毒株数目与光阴的关系，作者以为该毒株早在2020岁尾就曾经在全美境内多地域扩散。

（图2. 聚类阐发提醒B.1.1.7变异毒株在美国境内的来源与传达趋向） 基于上述成果，作者以为这一路源于英国的变异毒株B.1.1.7将来或者将成为美国最主流的风行毒株，思索到此前研讨标明该毒株具备比原始毒株更强的致病性与致死率，是以作者呼吁年夜众与迷信界进步鉴戒，尽最年夜能够避免疫情的进一步扩散，并踊跃寻觅对立上述渐变毒株的办法。（100医药网 100yiyao.com）

原始出处：Nicole L. Washington, Karthik Gangavarapu, Mark Zeller et al.,Cell.(2021).DOI:https://doi.org/10.1016/j.cell.2021.03.052