Immunity：单细胞染色质可读性图谱阐发提醒调理性T细胞参加组织修复的分子机制

2021年4月1日讯/100医药网BIOON/---众所周知，组织中的调理性T细胞（Treg）关于匆匆进组织稳态和再生具备紧张作用。在比来一项研讨中，来自德国雷根斯堡年夜学再生医学中间的Markus Feuerer及其团队提醒了安康组织中具备上述功效的Treg细胞的特征。通过研讨鼠和人起源的组织特同性Treg细胞的单细胞染色质可浏览性（accessibility），从而界说了一个激进的，不依赖微生物群的组织修复性Treg标志，此中最次要的特征是转录因子BATF的表白活性。通过与基因表白谱阐发和TCR命运图谱相联合，研讨者们在人外周血中鉴定出一群表白BATF，趋化因子受体CCR8和HLA-DR的组织特同性Treg细胞。此外，正常皮肤和脂肪组织中的BATF + CCR8 + Treg细胞与非淋巴T滤泡辅助样（Tfh-like）细胞具备雷同的特征。之后，作者发现通过诱导未激活状态下人Treg细胞向Tfh偏向分解，可能部门重现组织特同性Treg的修复特征，包含伤口愈合后劲。因为来自安康组织的人BATF + CCR8 + Treg细胞与驻留于肿瘤组织外部的Treg细胞具备独特的特征，突出了懂得这些细胞的配景特同性功效关于癌症免疫医治的紧张性。

（图片起源：www.cell.com） 起首，作者使用荧光激活细胞分选技术（FACS）从小鼠脾脏，肺，结肠，皮肤等组织中拆散纯化CD4 + T细胞，然后使用单细胞程度测序（scATAC-seq）测定可能被转座酶所打仗的染色质区域。统共发生了超过26,000个CD4 + T细胞的scATAC谱图，每个细胞具备约18,000至约35,000个共同的片断。为了辨认种群特征，作者进行了响应的聚类阐发并对其进行了色彩编码，而且使用谱系界说具备分歧基因可浏览性的细胞构成。例如，Treg细胞的次要转录因子Foxp3在脾，皮肤以及结肠等组织起源的Treg簇中获得了鉴定。与Foxp3相比，II2基因簇仅在特定组织起源的CD4 + Foxp3- T-惯例（Tconv）细胞中被发现，例如结肠，皮肤等。编码CD62L（Sell）的基因簇被用于鉴定未激活（Naive）T细胞簇。编码Th1相关转录因子T-bet的Tbx21基因簇和Ifng基因簇仅在来自皮肤或结肠等组织中的效应CD4 + T细胞中可以被浏览。

具有组织修复个性的Treg前体细胞从淋巴器官开端，分两步进行分解。通过绘制组织特同性Treg前体细胞的晚期阶段（PD1 + Klrg1-）和早期阶段（PD1 + Klrg1 +）的批量ATAC-seq署名时，在脾脏中很容易可以检测到前体细胞，而在组织则无奈检测到相关标志，突出了这些标志的特同性。

（小鼠脾脏与组织Treg单细胞ATAT组学阐发） 此前研讨标明，肠道微生物群会影响结肠中的Treg细胞功效，然则微生物群对组织特同性Treg前体细胞的影响尚不分明。为此，作者重点阐发了一切结肠起源的Treg基因簇可浏览性特征。研讨成果标明：结肠Treg存在两个分歧亚群，此中一类 Foxp3和Klrg1基因活性遭到克制，而另外一群中Klrg1和Foxp3基因簇均具备较高的可浏览性。为了研讨肠道微生物对Treg基因可浏览性的影响，作者同时采集了无菌小鼠（GF）起源的各组织Treg细胞并进行了基因组可浏览性阐发。成果标明，即便在无菌小鼠中，Treg的组织修复相关的基因可浏览性依然可能被翻开，标明Treg的组织修复机制的分解并不依赖于肠道菌群的影响。

（组织特同性Treg基因簇可浏览性不受肠道微生物的影响） 进一步，作者对血液体系的轮回Treg细胞以及组织驻留的Treg的基因组可浏览性进行了别离阐发。成果标明，关于影象Treg细胞而言，分歧部位的亚群基因表白差别数目到达了11000个，而关于人造Treg细胞而言，这一数字也在5500-7000之间。

基于对小鼠起源的Treg细胞的阐发，作者将这一办法进一步利用于人源Treg细胞的分类中。研讨标明，人源Treg细胞相比小鼠起源的Treg具备12236个分歧的表白峰。通过比拟，作者终极筛选出了643个在人与鼠Treg细胞中均有雷同表白特征的基因簇，此中包含趋化因子受体（CCR2, CCR5, CCR6, CCR8），TNF受体超家族（TNFRSF8, TNFRSF9）以及转录因子（GATA3, TOX, BACH2, BATF）。

(人源CD4+ T细胞ATAC组学阐发提醒其与小鼠起源单细胞基因簇可浏览性具备一定水平的激进性)

末了，为了验证Treg细胞的组织修复个性，作者进行了体外的诱导试验。通过模拟Tfh诱导机制对Treg进行体外刺激，可能放慢其排泄匆匆进组织修复的相关因子，该成果或者在体内具备类似的体现。此外，因为CCR8+ Treg细胞在正常组织中以及在肿瘤组织中具备一定的类似性，作者对其基因簇的可浏览性进行了进一步的阐发，成果标明，其确切存在一定水平的堆叠，例如转录因子BCL6 以及BATF。

综上，该研讨初次对组织特同性Treg细胞进行了单细胞染色质可浏览性程度的阐发，并鉴定出了具备组织修复特征的组织特同性Treg细胞的基因表白特征以及诱导机制。该研讨关于匆匆进机体组织修复以及进步癌症免疫医治的后果具备紧张的意义。（100医药网 100yiyao.com）

原始出处：Michael Delacher, Malte Simon, Lieke Sanderink et al., . Immunity (2021).DOI:https://doi.org/10.1016/j.immuni.2021.03.007