研讨构建出长牡蛎染色体程度基因组和变异图谱

近日，中国迷信院陆地所张国范研讨组实现的论文Construction of a chromosome-level genome and variation map for the Pacific oyster Crassostrea gigas（《长牡蛎染色体程度基因组和变异图谱构建》），在线颁发在Molecular Ecology Resources（《分子生态资本》）上。该研讨初次构建出长牡蛎染色体程度基因组和贝类中第一张包括SNP、INDEL和CNV的综合序列变异图谱，发现长牡蛎基因组中存在高比例的长片断反复序列，CNV构造变异可招致个别间均匀21%的区域差别，更新了长牡蛎基因组资本和对基因组简单性的认知。

长牡蛎（Crassostrea gigas），俗称宁靖洋牡蛎，是紧张的养殖贝类，具备经济和生态代价。张国范研讨组恒久从事贝类养殖和育种相关任务，致力于牡蛎基因资本挖掘和分子育种研讨。2012年，研讨组在Nature颁发的牡蛎第一张基因组图谱获得普遍利用，引领并开启了水产品种相关研讨。之后，研讨组对牡蛎基因资本进行保护和更新。跟着新一代测序技术的普及和对长牡蛎染色体程度基因组需求的添加，研讨组于2019年正式启动长牡蛎染色体程度基因组构建任务。

研讨应用高笼罩第三代测序（PacBio，~200×）联合HIC技术，并以连锁图谱辅助，对一个中国青岛的长牡蛎进行从头组装，得到基因组总长度为587M，包括10条染色体程度scaffold序列，ContigN50到达3.1M，ScaffoldN50到达60M，组装完全性和间断性均有较年夜进步。研讨发现，基因组中高比例的长片断反复在基因退化中发扬紧张作用，也是招致之前基于二代测序技术组装的长牡蛎基因组碎片化的次要起因。基于495个家养长牡蛎的重测序数据阐发，构建了长牡蛎综合变异图谱，包括480万个高质量SNP，60万个INDEL和4.9万个CNV。这些新的数据资本对牡蛎比拟、分子育种和顺应退化等研讨具备紧张意义。美国南加州年夜学传授Dennis Hedgecock团队的成员、博士Xiaoshen Yin对该基因组展开阐发，发现和连锁图谱一致性到达90%以上，显明的组装差错不到0.1%，必定了其较高的组装质量（Yin et al， 2020）。(100yiyao.com）