Frontiers in Plant Science：年夜豆渐变体基因定位测序办法改进研讨获停顿

跟着新一代测序技术的倒退和全基因组测序（Whole Genome Sequencing， WGS）本钱的不时降低，基于WGS的拆散群体分组阐发（Bulk Segregation Analysis，BSA）已成为疾速定位候选基因的惯例对象，但已报道的办法仍有待欠缺。例如，依赖于自交系杂交的QTL-seq战略必要前期消耗年夜量精神进行精密定位；而基于渐变体的Mutmap战略，尽管不必要前期进行精密定位，但仍需消耗年夜量光阴用于渐变体的自交与回交。这些办法存在的不敷限定了年夜规模展开功效基因定位的效率。

中国迷信院西南地舆与农业生态研讨所年夜豆分子设计育种重点试验室研讨员冯献忠团队环抱年夜豆渐变体功效基因定位，报道了一种称为M2-seq的改进版WGS-BSA办法。它是一种疾速无效的渐变基因定位对象，仅基于M2代资料即可完成候选因果渐变位点的疾速定位，与此前报道的必要更高世代自交与回交的办法（如Mutmap）相比，在光阴本钱和测序用度本钱上均更具备劣势。应用M2-seq办法，在不晓得渐变植株的家养型变异信息环境下，通过M2群体之间的互相比拟，配景变异即可被无效去除。此外，应用ΔSNP-index的相对值可无效去除由相邻渐变等位基因的排挤连锁惹起的渐变频率旌旗灯号动摇，从而有助于定位靶基因中的因果渐变。该研讨展现了M2-seq在10个自力的年夜豆M2渐变体群体中胜利定位因果渐变。研讨标明，基于M2世代的M2-seq办法可减速基因定位，尤其是活着代距离较长的动物物种中。

相关研讨结果以A robust and rapid candidate gene ming pipeline based on M2 populations为题，颁发在Frontiers in Plant Science上。(100yiyao.com）