新办法破解高杂合物种单倍型基因组组装难题

近日，南京农业年夜学梨工程技巧研讨中间传授张绍铃团队在《基因组研讨》在线揭橥最新研讨结果。该研讨将单花粉原生质体别离的新办法与单细胞DNA扩增技巧相联合，并采取“条形码”战略整合了12个花粉细胞的单倍体特点序列数据，从而开辟出一种高杂合物种单倍型基因组组装的新办法。

论文通信作者张绍铃引见，今朝基因组组装年夜多采取二倍体或许多倍体资料直接停止混杂测序并组装。关于一些杂合度和反复序列比重较低的物种而言，单倍型基因组组装的难度并不是很凸显。但关于一些终年自交不亲和、远缘杂交的物种而言，单倍型基因组的组装存在必定的难度。这十分晦气于后续展开这些物种的重测序、退化、基因功效等方面的研讨。

张绍铃团队于2012年胜利组装了世界第一个梨基因组。本研讨在梨基因组测序的根底上，应用12个花粉单细胞对所构建的3.8万条人工染色体（BAC）停止单倍型分型，并胜利组装了两套单倍型基因组，该办法被定名为Bar-coding。

论文配合第一作者、南京农业年夜学传授吴俊引见，他们经过这种办法判定出了原参考基因组中8.12%的因为杂合惹起的嵌合组装基因，并对所测定基因组（砀山酥梨）两个倍型之间的差别停止了零碎性剖析。

这种办法不只可以应用花粉对BAC停止分型，也可以联合多种长读长测序技巧用以处理曾经测序的或还没测序的庞杂植物基因组的单倍型基因组组装难题。(100yiyao.com）