Nature Methods:从胚胎发育到疾病解析:FlowSig引领细胞间信号流动研究新方向 |
![]() |
细胞间通信是维持生物体内稳态以及实现复杂生物过程的核心机制之一。细胞通过分泌和接收化学信号,与周围的细胞进行交流,从而协调发育、反应、组织修复等关键生理过程。近年来,单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing, scRNA-seq)和空间转录组学(spatial transcriptomics, ST)技术的发展,为研究者提供了在单细胞水平上解析细胞间通信的前所未有的机会。这些技术能够同时检测成千上万个基因的表达,生成具有高维度的基因表达模式,从中提取与疾病状态、空间位置和时间轴相关的特定基因模块。然而,如何有效整合这些高维度数据,并在此基础上推断出驱动生物过程的细胞间通信流,仍然是一个重大的挑战。
在这个背景下,8月26日Nature Methods的研究报道 Inferring pattern-driving intercellular flows from single-cell and spatial transcriptomics ,提出了FlowSig这一新方法,用于从scRNA-seq和ST数据中推断由细胞间通信驱动的信息流。FlowSig基于图形因果建模和条件独立性测试,通过构建和学习部分定向无环图(completed partial directed acyclic graph, CPDAG),揭示了细胞间通信的方向性依赖关系。不同于传统的基因表达模块(gene expression modules, GEMs)构建方法,FlowSig能够同时考虑细胞间信号(ligand-receptor interactions)和细胞内调控机制,从而准确捕捉细胞间流动的时空动态。
该方法的开发旨在填补现有工具的空白,并提供更为全面的分析框架。通过在多种实验数据上的验证,如胰岛细胞受刺激后、不同严重程度下的细胞间流动以及小鼠胚胎发育过程中形态发生素驱动的模式,FlowSig展现出了优异的性能。研究者通过这些应用,展示了FlowSig在捕捉复杂生物过程中的关键细胞间通信流方面的潜力,为进一步理解健康和疾病状态下的生物过程提供了重要的工具和视角。
在未来,随着单细胞和空间转录组数据的积累,FlowSig有望成为推动因果推断和因果结构学习的关键方法之一,并在生命科学研究中发挥更大的作用。
医药网新闻
- 相关报道
-
- 登上Cell子刊:迈威生物ADC新药,有望克服多重耐药胃肠道癌症 (2025-07-08)
- 泰德医药港股上市:全球第三大多肽CRDMO开启新征程 (2025-07-08)
- 生酮饮食抗癌”真相揭晓!这种植物成分才是影响药效的关键 (2025-07-08)
- 七旬老人长出9毫米肺磨玻璃结节 六院胸外科妙手微波消融解危机 (2025-07-08)
- Science:解开百年基因密码!全新“分子锁”Zincore揭示最大转录因子家族之谜 (2025-07-08)
- 强“经”健骨治标更治本:6厘米切口“剪断”十年痉挛枷锁 (2025-07-08)
- 这一味中药材能降脂!Sci Rep:赤芍凭Gelomulide N等成分,调菌群、控甲羟戊酸通路降血脂 (2025-07-08)
- 思齐圈2025第十届「MMC医学市场年会」,重磅启幕! (2025-07-07)
- 线粒体转移是癌症转移的隐形推手?!最新Nature 科学家揭秘肿瘤转移背后的新机制! (2025-07-07)
- 县医院医生作为共同第一作者发表《新英格兰医学杂志》论文,为脑中风治疗带来新策略 (2025-07-06)
- 视频新闻
-
- 图片新闻
-
医药网免责声明:
- 本公司对医药网上刊登之所有信息不声明或保证其内容之正确性或可靠性;您于此接受并承认信赖任何信息所生之风险应自行承担。本公司,有权但无此义务,改善或更正所刊登信息任何部分之错误或疏失。
- 凡本网注明"来源:XXX(非医药网)"的作品,均转载自其它媒体,转载目的在于传递更多信息,并不代表本网赞同其观点和对其真实性负责。本网转载其他媒体之稿件,意在为公众提供免费服务。如稿件版权单位或个人不想在本网发布,可与本网联系,本网视情况可立即将其撤除。联系QQ:896150040