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Nature:突破性发现,CREM揭示CAR

免疫细胞的 疲惫开关 :CREM的意外发现

这项研究始于一个大胆的疑问:在CAR-NK细胞执行抗肿瘤任务时,它们的基因表达发生了怎样的变化?研究人员深入分析了在小鼠肿瘤模型中过继转移后的CAR19-IL-15 NK细胞的单细胞转录组数据(single-cell RNA sequencing, scRNA-seq)。这些细胞被输注到小鼠体内,在清除肿瘤的过程中,发现了一个基因的表达量显著升高 那就是CREM。

研究发现,在体内输注后,CAR-NK细胞的CREM表达量显著升高,与输注前相比,在第7天和第14天,平均表达量分别增加了约2.5倍和约3倍,且这种升高与小鼠体内肿瘤控制的改善呈正相关。这似乎在暗示CREM与CAR-NK细胞的抗肿瘤活性密切相关。但更深入的分析却揭示了其复杂性:这些CREM高表达的CAR-NK细胞,不仅表现出如颗粒酶B(GZMB)和溶细胞素(GNLY)等效应基因的升高,暗示它们正在积极攻击肿瘤,同时也伴随着如TIGIT、KLRG1等抑制性检查点基因的表达上调,这通常与免疫细胞的 疲惫 或功能受损相关。这表明,CREM可能参与了CAR-NK细胞在激活状态下的平衡调控,既有激活的印记,也伴随着功能失调的信号。

为了进一步探究CREM在肿瘤免疫中的普遍性,研究人员分析了来自TISCH2数据库的肿瘤浸润NK细胞(tumor-infiltrating NK, TI-NK)数据。惊人地发现,在多种癌症类型中,TI-NK细胞的CREM表达量普遍高于外周血单核细胞(PBMC)中的NK细胞。特别是在、和中,TI-NK细胞的CREM表达量显著增高。更有趣的是,在患者的转移性TI-NK细胞中,CREM的表达量达到了最高水平,甚至在差异活跃的转录因子调控网络中排名前50位。这些数据强烈暗示,CREM在肿瘤微环境中的高表达可能与NK细胞的功能受损有关,甚至在某些情况下,高CREM表达与患者不良预后(如低级别胶质瘤、肺腺癌、胃腺癌和乳腺浸润性癌)相关。这进一步强化了CREM作为免疫检查点的潜在角色。

研究人员还利用质谱流式细胞术(mass cytometry, CyTOF)对NK细胞的表型进行了深入剖析。研究显示,高表达CREM的CAR-NK细胞(特别是CAR70-IL-15 NK细胞)同时伴随着激活标志物(如NKG2D、CD25、CD2、GZMB和Perforin)和抑制性标志物(如NKG2A、LAG3、TIGIT和TIM3)的更高表达。这一发现进一步佐证了CREM的诱导可能与NK细胞的 激活诱导性疲惫(activation-induced exhaustion) 表型密切相关,它在介导抗肿瘤活性的同时,也可能启动了负反馈调节机制。

点火器 的秘密:CAR激活与IL-15如何诱导CREM

既然CREM如此重要,那么它究竟是如何被CAR-NK细胞激活的呢?研究人员深入研究了CAR活化信号和IL-15细胞因子信号对CREM表达的影响。

当CAR-NK细胞与靶抗原(CD70)结合时,CREM的表达量在CAR70 NK细胞中显著升高,与未转导的NK细胞或缺乏胞内信号域的CAR-NK细胞相比,CREM mRNA表达量可增加约6倍。这明确指出,CAR分子内部的ITAM(Immunoreoreceptor Tyrosine-based Activation Motif)信号在CREM诱导中扮演了关键角色。

IL-15作为CAR-NK细胞疗法中常用的促增殖和持久性细胞因子,也展示了其对CREM的强大诱导能力。IL-15能够以剂量依赖的方式(从50 pg/mL到5000 pg/mL)显著增加CREM的表达,其诱导强度甚至高于等剂量的IL-2。当CAR激活与IL-15刺激同时存在时,CREM的表达量呈现出叠加效应,这意味着这两种信号通路可以协同作用来诱导CREM。CREM mRNA的表达在IL-15刺激后6小时即可上调,并在24-48小时达到峰值,在96小时内回到基线,显示出其转瞬即逝的诱导特性。而在持续分泌IL-15的CAR-IL-15系统中,CREM则持续高表达。

除了CAR和IL-15,研究人员还测试了其他常见细胞因子和内源性NK细胞受体对CREM表达的影响。结果显示,IL-2、IL-12和IL-18也能剂量依赖性地诱导CREM表达,其中IL-15的诱导作用最强。此外,通过抗CD16、抗NKp30和抗NKp46抗体激活NK细胞内源性受体,也同样能上调CREM表达。这表明,CREM的上调是NK细胞活化的一个普遍特征,由细胞因子和ITAM信号共同驱动,并且其强度和动力学特征因刺激类型而异。

机制揭秘:PKA-CREB轴的 幕后推手

既然CREM在NK细胞活化中如此重要,那么其信号通路是怎样的呢?研究深入剖析了CREM诱导的分子机制,揭示了PKA-CREB信号轴的关键作用。

CAMP信号通路在细胞中扮演着重要角色,而CREM正是其关键调控因子之一。当细胞内CAMP水平升高时,蛋白激酶A(PKA)会被激活,进而磷酸化转录因子CREB和CREM。这些磷酸化的转录因子结合到CAMP反应元件(CAMP-response elements, CREs)上,调控靶基因的转录。研究证实,这一经典的PKA-CREB轴在CAR-NK细胞活化中发挥了核心作用。

具体而言,CAR激活能够导致CAR70 NK细胞中CREB的显著磷酸化(pCREB),但这种磷酸化在未转导或缺乏胞内信号域的CAR-NK细胞中不明显。这意味着CAR分子的CD3 链信号在诱导pCREB中至关重要。更有力的是,当预处理NK细胞,使用PKA抑制剂H89或钙螯合剂EGTA时,CAR诱导的CREB磷酸化和CREM诱导都被强烈抑制了。这与之前T细胞受体(TCR)信号下游PKA磷酸化CREB的发现不谋而合。

IL-15同样能以剂量依赖的方式增加PKA活性和pCREB水平,且H89和EGTA也能有效阻断IL-15诱导的CREB磷酸化和CREM表达。这有力支持了PKA-CREB轴在CAR激活和IL-15刺激介导的CREM上调中扮演的关键角色。

研究人员还通过染色质免疫沉淀(Chromatin Immunoprecipitation, ChIP)和定量PCR(qPCR)实验,进一步证实了pCREB能够强烈结合CREM启动子(CREM promoter 1),其结合强度与CREM的转录水平呈正相关。这表明CREM很可能是一个直接被CREB调控的靶基因。

值得注意的是,IL-15还通过JAK-STAT通路激活NK细胞,特别是STAT3和STAT5。数据显示,IL-15能够剂量依赖性地增加pSTAT3和pSTAT5,其中pSTAT5表现出更高的敏感性。虽然STAT3和STAT5也参与了CREM的诱导(STAT3或STAT5的缺失部分降低了CREM表达),但CREM的诱导在CAR激活后仍能独立于STAT信号发生,主要依赖于PKA-CREB轴。这揭示了CAR-NK细胞中CREM调控的双重机制:通过PKA-CREB信号轴和IL-15下游的STAT3-STAT5通路。

解除 封印 :CREM删除后的CAR-NK细胞威力大增!

既然CREM在NK细胞活化中扮演了复杂的角色,那么,删除CREM是否能提升CAR-NK细胞的抗肿瘤能力呢?研究人员运用CRISPR-Cas9基因编辑技术,在CAR-NK细胞中特异性敲除了CREM。

在体外实验中,CREM缺失(CREM KO)的CAR-NK细胞展示出显著增强的细胞毒性。无论是长期的二维培养、三维肿瘤球体(tumor spheroid)培养,还是肿瘤再挑战实验中,CREM KO的CAR-NK细胞都表现出更强的杀伤能力。例如,在针对UMRC3细胞的球体杀伤实验中,CREM缺失的CAR70-IL-15 NK细胞在第5天时能够将肿瘤球体的平均绿色图像强度降低至对照组的约20%,而野生型细胞仅能降低至约40%,显示出更有效的肿瘤抑制能力。这种增强效应在低效应-靶细胞比率(effector-to-target ratio)下尤为明显,且无论是否表达靶抗原CD70,CREM的缺失都能提升IL-15分泌型NK细胞的效应功能,表明CREM作为IL-15或CAR信号下游的一个通用抑制性检查点。

体外效力的提升在体内模型中得到了更有力的验证。在侵袭性CD70阳性Raji伯基特淋巴瘤小鼠模型中,与野生型CREM CAR70-IL-15 NK细胞、未转导NK细胞或未治疗对照组相比,接受CREM KO CAR70-IL-15 NK细胞治疗的小鼠肿瘤控制效果显著增强,并最终改善了小鼠的生存率。具体而言,CREM KO组小鼠的肿瘤负担在第14天时仅为野生型组的约20%,生存期显著延长(p值小于0.0001)。此外,CREM KO还促进了CAR-NK细胞在外周血(在第10天和第20天,CAR+ NK细胞数量分别是野生型组的约2.5倍和约2倍)以及肝脏、肺、骨髓和脾脏中的增殖和浸润。

在转移性CD70阳性PDX模型(patient-derived xenograft, PDX)中,接受CREM KO CAR70-IL-15 NK细胞治疗的小鼠,其肺部和肝脏的肿瘤负担显著降低,且CAR-NK细胞在这些器官中的增殖和浸润也显著增加。在胰腺癌小鼠模型中,腹腔注射CREM KO CAR.TROP2-IL-15 NK细胞也显著改善了肿瘤控制并延长了细胞的体内持久性。

更重要的是,这些增强的抗肿瘤效果并没有以牺牲安全性为代价。在多个小鼠模型中,CREM KO CAR-NK细胞的治疗耐受性良好,小鼠体重保持稳定,且主要器官的组织学分析未显示明显的毒性或异常。这为CREM作为CAR-NK细胞疗法的潜在治疗靶点提供了坚实的证据。

深度剖析:CREM如何重塑CAR-NK细胞的 命运 ?

CREM删除为何能带来如此显著的疗效提升?研究人员通过染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)和转录组测序(RNA-seq)深入探究了CREM对CAR-NK细胞的转录和表观遗传重编程机制。

转录重编程:从 疲惫 到 火力全开

研究发现,CREM作为一种转录因子,能够直接结合到基因组上的多个位点。在CREM敲除后,CAR-NK细胞的基因表达发生了显著变化。与野生型CREM CAR70-IL-15 NK细胞相比,CREM KO导致了:

效应基因的上调:如颗粒酶B(GZMB)和干扰素- (IFNG)的表达显著升高,这些是NK细胞执行杀伤功能的核心武器。

NK细胞发育转录因子的上调:如KLF7和RUNX2,这些因子与NK细胞的成熟和功能密切相关。

疲惫和应激相关基因的下调:如BTG1、DUSP2、SMAD3和RGS1,这些基因通常与免疫细胞的功能受损和应激反应有关。

通过基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA),发现CREM敲除显著上调了对NK细胞效应功能和代谢至关重要的通路,包括MYC靶点V1(MYC targets V1)、E2F靶点(E2F targets)、MTORC1信号通路(MTORC1 signaling)和氧化磷酸化(oxidative phosphorylation)。同时,它下调了免疫抑制性通路,如缺氧(hypoxia)和TGF 信号(TGF signaling)。这些发现共同指向一个结论:CREM通过直接结合并调控基因表达,促进了NK细胞的功能失调和疲惫状态,而CREM的缺失则逆转了这一过程,使CAR-NK细胞能够保持更强的抗肿瘤活性和增殖能力。

表观遗传重编程:解除染色质的 枷锁

研究人员进一步通过转座酶可及染色质测序(ATAC-seq)分析了CREM对CAR-NK细胞表观遗传景观的影响。在与肿瘤细胞共培养时,野生型CREM CAR70-IL-15 NK细胞的染色质可及性(chromatin accessibility)降低,这表明基因组变得更加 紧密 ,不利于基因的表达。然而,CREM KO的CAR70-IL-15 NK细胞即使在肿瘤微环境中,也能够维持更加开放的染色质景观。这意味着CREM的缺失使得与免疫细胞激活、代谢和效应功能相关的关键基因区域更容易被转录机器接触到,从而促进了这些基因的表达。

具体的分析显示,CREM KO的CAR-NK细胞在与肿瘤细胞共培养时,在多种细胞代谢和效应通路(包括MTORC1、PI3K-AKT-MTOR信号通路和有丝分裂纺锤体)相关的基因位点上保持了更高的染色质可及性。此外,AP-1复合体(AP-1 complex)成员(如JUN相关因子)、STAT家族和CEBP家族转录因子的结合基序(motif)在CREM KO细胞中显著富集,这些转录因子是NK细胞活化和功能的重要调控者,其可及性的增加预示着细胞激活能力的提升。

代谢重编程:更强的 动力引擎

除了转录和表观遗传的改变,CREM的缺失还显著改善了CAR-NK细胞的代谢健康。通过海马线粒体功能分析(Seahorse assays),发现CREM KO的CAR70-IL-15 NK细胞展示出增强的糖酵解能力(glycolytic capacity),并有增加线粒体呼吸(mitochondrial respiration)的趋势。这意味着这些细胞拥有了更强的 动力引擎 ,能够更有效地产生能量以支持其抗肿瘤功能和持久性。

CREM CAR-NK疗法的新靶点

这项开创性的研究首次确立了CREM作为CAR-NK细胞活化中的一个关键转录检查点。揭示了CAR激活和IL-15信号通过PKA-CREB信号轴共同诱导CREM,而CREM的过度表达则可能导致NK细胞的激活诱导性疲惫。更重要的是,通过基因编辑敲除CREM,成功地 解除 了CAR-NK细胞的 封印 ,使其抗肿瘤效力显著增强,且不增加毒性。

这一发现为CAR-NK细胞免疫疗法开辟了全新的策略。未来的研究还可以着重于:

开发CREM特异性抑制剂:直接靶向CREM或其信号通路,以期在临床上增强CAR-NK细胞的抗肿瘤活性。

优化CAR-NK细胞设计:将CREM的敲除或抑制整合到CAR-NK细胞的制备流程中,以期获得更高效、更持久的抗肿瘤细胞产品。

深入理解CREM异构体功能:CREM有多种异构体,不同异构体的功能可能存在差异,进一步研究其特异性功能可能带来更的调控策略。

CAR-NK细胞疗法正以惊人的速度发展,成为对抗癌症的强大武器。而CREM的发现,如同在迷雾中点亮了一盏明灯,指引我们更深入地理解NK细胞功能调控的复杂机制,并为开发下一代更有效、更安全的CAR-NK细胞疗法提供了崭新的靶点和无限可能。

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