园艺研究:植物基因组LTR转座子分类进展

来源：昆明植物研究所2022-02-22 08:02

转座子是基因组重复序列的主要组成部分。越来越多的研究表明，转座子在决定基因组大小、基因组结构变异、序列突变、基因丢失、基因融合以及新编码基因的起源等方面具有重要的生物学意义。LTR转座子是植物基因组中重复序列比例最高的类型，是反转录转座子的一种。但是目前大部分软件对于LTR转座子只停留在超家族水平，并没有提供。

转座子是基因组重复序列的主要组成部分。越来越多的研究表明，转座子在决定基因组大小、基因组结构变异、序列突变、基因丢失、基因融合以及新编码基因的起源等方面具有重要的生物学意义。LTR转座子是植物基因组中重复序列比例最高的类型，是反转录转座子的一种。但目前大多数LTR转座子仅停留在超家族水平，没有提供更详细的分类，不能反映LTR转座子的多样性和进化关系。

基于此，中国科学院昆明植物研究所等研究团队开发了一种更加准确、快速的LTR转座子分类新方法，命名为TEsorter。该方法基于已分类的保守蛋白结构域(数据库来源REXdb或GyDB ),采用隐马尔可夫模型(HMMs)方法对玉米和水稻基因组中的转座子，尤其是LTR转座子进行准确分类。大多数LTR转座子可以达到进化枝水平，进化枝水平的分类结果与基于系统进化树的聚类高度一致。同时，通过比较五种常用的转座子分类方法(RepeatModeler、DeepTE、TERL、LTR_retriever和LTRclassifier)，发现TEsorter在准确率和运算速度上具有明显的优势。该研究成果在线发表在《园艺研究》杂志上，标题为《Tesorter:一种准确快速的植物基因组ltr-反转录转座子分类方法》。(100yiyao.com)

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