研讨人员提醒乳腺细胞发育中细胞形态特异性转录因子收集和细胞谱系关系

2019年10月8日，美国圣地亚哥的Salk研讨所的Geoffrey Wahl团队在Cell Reports杂志上揭橥文章“Single-Cell Chromatin Analysis of Mammary Gland Development Reveals Cell-State Transcriptional Regulators and Lineage Relationsh”，应用最前沿的单细胞染色质可接近性图谱提醒了正常乳腺发育进程中细胞形态特异性转录因子联合位点的变更静态和细胞谱系的关系。该团队愿望经过懂得乳腺正常发育进程中细胞形态转换的分子机理，在将来进一步懂得细胞可塑性和异质性的分子机理。

在该研讨中，作者们初次在染色质可接近性方面，不雅察到胚胎乳腺原基在胚胎发育早期曾经开端取得成年鼠分化乳腺细胞特异的染色质可接近性特点。进一步经过转录因子联合位点在染色质可接近区域的富集水平，揣测了转录因子在分歧细胞的活泼性。作者们应用机械进修的办法猜测了细胞谱系特异性的转录因子，个中包含多个曾经试验验证的乳腺细胞转录因子。依据揣测的每个细胞直达录因子的活泼性所构建的拟工夫发育轨迹，高度吻合单细胞转录组数据。

作者还发明，绝对于启动子，位于基因启动子远端的加强子可接近性数据包括更多细胞形态特异性信息。依据具有配对关系的基因和远端加强子在单一细胞中的配合可接近性，作者们猜测小鼠乳腺发育进程中远端加强子的靶基因。猜测的基因与远端加强子关系图谱将会为乳腺研讨范畴供给一项宝贵的资本。联合细胞谱系特异性染色质可接近性信息和H3K27ac染色质免疫共沉淀--高通量测序(ChIP-Seq)图谱，人们可以寻觅本人感兴味基因的加强子地位和细胞谱系特异性。作者还依据基因自己的可接近性和他所属的远端加强子的可接近性，猜测了一万三千多个基因的可接近性。猜测的基因可接近性数据高度与单细胞转录组数据吻合。

该研讨结果将会为乳腺相干研讨中详细的分子机理研讨设立试验假说供给便利的根底资本。(100yiyao.com）