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迷信家揭橥非编码RNA互相感化数据库NPInter v4.0

非编码RNA对生物分子的调控感化,不断是RNA功效研讨的前沿。在以往的研讨中,非编码RNA被发明可以和卵白质、RNA以及基因组互相感化,调控庞杂生物进程。比方经典的 Xist可以和X染色体互相感化并影响剂量赔偿效应。懂得非编码RNA和生物分子的互相感化关于研讨的功效以及生物分子调控收集的构建长短常主要的。

10月31日,《核酸研讨》(Nucleic Acids Research)在线揭橥了中国迷信院生物物理研讨所安康研讨中间标题为NPInter v4.0: An integrated database of ncRNA interactions 的论文,宣布了最新版的NPInter(NPInter v4.0)。该数据库零碎地收录了绝年夜多半品种非编码RNA的互相感化,并对互相感化以及相干分子停止了具体的正文以及可视化,供给了一个片面、零碎的互相感化的研讨平台。

中科院院士陈润生课题组于2006年宣布了NPInter数据库的第一个版本(Nucleic Acids Research),在过来的十多年中,该数据库不断取得业内的普遍承认,被RNAcentral收录为专家数据库。迄今为止,曾经更新过三个版本。此次的v4.0更新,整合了近几年来揭橥的非编码RNA互相感化文献以及高通量RNA互相感化测序数据,环状RNA(circRNA)的互相感化和ChIRP-seq取得的-基因组的互相感化初次被收录出去。总数据量上升到11万条,涵盖了35个物种。互相感化以及感化分子还添加了疾病正文,旨在协助研讨者更好地舆解互相感化的功效。除了整合数据之外,全部数据库的网站也停止了从新构建,进步了原有搜刮模块的易用性,并添加了好多新的功效性模块如biocircos.js。网站收录整顿了年夜量具有特定功效的基因聚集,并供给了基于这些基因聚集的特性化搜刮。(100yiyao.com)

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