Cell重磅!华人科学家David R.Liu开发预测基因编辑结果的新方法! |
![]() |
2020年6月日讯 /BIOON /——虽然碱基编辑器被广泛用于实现定点突变,但决定碱基编辑结果的因素还没有被很好地理解,所以往往需要试验进行验证。近日来自Broad研究所、哈佛大学、麻省理工学院和布莱根妇女医院和哈佛医学院的研究人员在华人科学家David R.Liu的带领下,开发了一种机器学习模型以预测剪辑编辑的结果,无需实验就可以预测基因编辑的结果,相关研究成果发表在Cell上,该研究题为"Determinants of Base Editing Outcomes from Target Library Analysis and Machine Learning"。
图片来源:Cell
该研究论文的亮点包括:
基础编辑结果的精度和效率往往是不直观的,而机器学习模型(BE-Hive)能够准确预测基本编辑效率和编辑模式;
基本编辑器工程可以增加和减少越位编辑;
精确地校正了3388个致病性SNVs,其中许多以前被认为是顽固的。
在这项研究中,研究人员对11个胞嘧啶和嘌呤碱编辑(CBEs和ABEs)针对哺乳动物细胞中38538个基因的序列和活性关系进行了表征,然后利用这些结果去训练BE-Hive,BE-Hive是一个机器学习模型,可以准确地预测基础编辑基因型的结果(R≈0.9)和效率(R≈0.7)。
基于此,研究人员校正了3388个疾病相关的SNVs,其精度≥90%,其中包括675个BE-Hive正确预测的不被编辑的带有旁观者核苷酸的等位基因。
研究人员发现了之前无法预测的C-to-G或C-to-A编辑的决定因素,并利用这些发现纠正了174个致病转位SNVs的编码序列,精确度≥90%。
最后,研究人员利用BE-Hive的见解来设计新的CBE变体来调节编辑结果。
总的来说,这些发现阐明了碱基编辑,支持对以前难以处理的目标进行编辑,并为新的基本编辑器提供了改进的编辑功能。(100医药网100yiyao.com)
参考资料:
David R.Liu et al. Cell. DOI:https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.05.037
医药网新闻
- 相关报道
-
- Mater Today Bio:干细胞球联手纳米颗粒水凝胶精准改善糖尿病创面环境,加速伤口愈合新突破 (2025-07-08)
- J Anim Sci Biotechnol研究揭秘美味密码:益生菌联手重塑肠道菌群,经肠-肌轴提升猪肉鲜味与品质 (2025-07-08)
- Science:告别序列依赖,为你的染色体“扫码”——每条染色体竟自带独一无二的“条形码 (2025-07-07)
- 《自然》子刊:刷新认知!哈佛团队发现,乙肝病毒自身或不致肝癌,但会增强致癌物的作用 (2025-07-07)
- 《科学》子刊:科学家揭示帕金森病中不同的发病轨迹,或为定义亚型和治疗靶点提供新见解! (2025-07-07)
- 《细胞》破解常见痴呆的治疗难题!“老药新用”有望恢复大脑功能 (2025-07-07)
- 华人学者本周发表4篇Cell论文:高度血管化的肺/肠道类器官;修复血管性痴呆;自身免疫病新疗法;同义突变调控性状 (2025-07-07)
- 内蒙古安迪科同位素诊疗药物生产中心举行奠基仪式 (2025-07-06)
- 同济大学《Nature》子刊发文:揭示糖酵解重编程与免疫微环境调控的协同抗癌机制 (2025-07-06)
- Mol Cell 封面论文:王晓东院士团队揭示程序性坏死引发炎症的新机制 (2025-07-06)
- 视频新闻
-
- 图片新闻
-
医药网免责声明:
- 本公司对医药网上刊登之所有信息不声明或保证其内容之正确性或可靠性;您于此接受并承认信赖任何信息所生之风险应自行承担。本公司,有权但无此义务,改善或更正所刊登信息任何部分之错误或疏失。
- 凡本网注明"来源:XXX(非医药网)"的作品,均转载自其它媒体,转载目的在于传递更多信息,并不代表本网赞同其观点和对其真实性负责。本网转载其他媒体之稿件,意在为公众提供免费服务。如稿件版权单位或个人不想在本网发布,可与本网联系,本网视情况可立即将其撤除。联系QQ:896150040
![]() |
![]() |
解决便秘的偏方 | 女孩向往 |
![]() |
![]() |
婴儿出生时瞬间 | 西红柿养生功效 |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
|||||||||||
|