北京市农林迷信院研制出玉米全基因组SNP芯片Maize6H

11月22日，北京市农林迷信院玉米DNA指纹及分子育种北京市重点试验室分子检测团队在国际著名植物学期刊The Plant Journal（IF=6.141）在线揭橥题为“New resources for genetic studies in maize （Zea mays L.）： a genome-wide Maize6H-60K SNP array forbid its lication”的研讨论文，报道了Maize6H-60K SNP芯片研制进程及其在玉米种质资本评价、分子判定、分子育种中的使用。

虽然玉米已有较多分子标志可用，然则种质资本的无效评价、种类的精准判定、高效低本钱地停止年夜量资料的基因分型依然具有挑衅性。为了推动玉米高密度、高效力SNP基因分型技巧的使用，研讨人员基于全球搜集的388个玉米自交系的全基因组重测序数据，研制了Maize6H-60K SNP芯片。起首在核基因组上发掘定位到了160M个SNP位点，树立原始SNP位点信息集。经由测序数据笼罩度、位点质量分值评价，取得25.6M个SNP位点，构成优良SNP位点池。并行开辟了100个叶绿体基因组位点，并入到优良位点池中。将上述优良位点基于侧翼序列保守性、芯片平台兼容性、位点杂合率进一步挑选评价，并将玉米核基因组依照100kb窗口划分为20，599个bins，每个bin内随机拔取约10个SNP位点，最初取得候选位点199，875个，构成挑选芯片位点组合。进一步采用加倍严厉过滤参数，挑选高质量、高多态、平均散布的位点组合，最终肯定61，282个位点，构成Maize6H-60K芯片（图1）。芯片包括60K位点平均散布在玉米10条染色体上，35%的位点位于基因内区域，个中21%位于编码区（图2）。

应用329个代表自交系、221个国审杂交种、34套三联体（父、母本及F1）以及育种群体资料对60K芯片停止多维度评价。成果显示80%的位点被评价为高质量、高效力位点，超越85%的位点MAF值年夜于0.20；应用60K芯片对329份自交系的类群划分成果与已揭橥种质资本评价成果和已知系谱关系分歧，并能进一步细化国际种质资料的分群。221个杂交种之间的间隔剖析显示SNP和SSR标志成果具有极高的相干性，数据点集平分布，并成线性关系（图3）。

60K芯片在分子帮助育种中具有较高的使用潜力。DH系和RIL群体子女与奠定者资料之间配景关系剖析显示，由群间自交系、群内自交系构建的群体资料多态位点比例辨别为35%和25%，而且多态性位点绝对平均散布于基因组上（图4）。

所研制的全基因组、高密度Maize6H-60K芯片是玉米分子研讨的主要帮助对象，是集种类判定、种类确权、分子育种等多用处为一体的新型芯片。该芯片已受权临盆10万张，经过科企协作结合体形式已在多家年夜型种企停止范围化使用，累计检测玉米杂交种、自交系、种质资本、DH系、育种群体等3万多份样品，经过年夜量资料的使用进一步验证了Maize6H-60K芯片具有高质量、高辨别力、高兼容性、高灵敏性等特色。(100yiyao.com）