Nat Commun: 普遍可培育微生物组提醒移植肺脏临床稳定与菌群生态均衡的分割

2021年4月12日讯/100医药网BIOON/---越来越多的证据标明，下呼吸道微生物群会影响肺部安康。然而，微生物群落构成与肺动静均衡之间的分割仍旧难以捉摸。对此，在比来一项研讨中，来自瑞士洛桑年夜学的Laurent P. Nicod团队联合了扩增子测序和细菌培育技术，表征了来自64个肺移植受体的234个支气管肺泡灌洗样品中的活细菌群落纵向特征，并树立起与病毒载量，宿主基因表白，肺功效和移植安康的分割。相关成果颁发在比来的《Nature Communications》杂志上。 为了表征移植后肺微生物群的细菌群落构成，作者在49个月的光阴内对64个肺移植受者的234个纵向BALF样品进行了16S rRNA基因扩增子测序，统共鉴定出7164个“操作分类单位（OTU）”。依据先前对安康非移植个别的BALF样品的研讨，作者发现，拟杆菌和硬毛菌是移植后受体肺脏中最丰厚的细菌门类，其次是，其次是变形杆菌和放线菌。对一切BALF样本的患病率阐发标明，其菌落组成差别很年夜，≥50％的样本属于22个OUT，标明它们是移植后肺微生物群的次要成员。它们属于Prevotella，Streptococcus，Veillonella，Neisseria，Alloprevotella，Pseudomonas，Gemella，Granulicatella，Campylobacter，Porphyromonas 以及Rothia，此中年夜多半也是安康人肺中的次要成员，这标明在安康的肺和移植的肺之间，肺微生物群的整体构成有相称年夜的堆叠。

（图片起源：www.nature.com） 为了证实肺部微生物的生活才能并树立人肺细菌拆散株的参考目次以进行试验研讨，作者通过细菌培育办法对扩增子测序进行了弥补：他们从18个个别中提取了21个随机BALF样品，在15种分歧的半固体培育基（惯例培育基和选择性培育基）的根底上，联合3种氧气浓度（有氧，5％CO2和厌氧）进行差别化培育。终极得到了300种细菌拆散物，别离属于5个门，7个纲，13个目和17个科，进而树立了一个可开放获取的生物库，称为“肺微生物群培育物保藏中间”（LuMiCol）。之后，作者应用机械培训的伎俩将肺活检样品按其内涵微生物菌落构成分歧分为四类，别离为“PAM1”，“PAM2”，“PAM3”以及“PAM4”。该分类尺度也获得了培育物组学的进一步验证。

（图1，高通量测序联合培育组学提醒肺脏微生物组的多样性特征）

综上所述，作者通过联合微生物测序以及高通量培育组学的伎俩，发现移植后的肺微生物群可分为四个分歧的构成状态，即“肺型”。次要的“均衡”型肺脏的特征是具备中等载量的多样化细菌群落，而且宿主基因表白谱标明具备免疫耐受性。其他三种的特征是微生物群落穷困或被潜在病原体所摆布，并随同着免疫活性添加，呼吸功效下降以及感化和排挤的危险添加无关。总的来说，作者的发现将移植后的肺微生物生态体系，肺功效和临床稳定性之间树立了分割。（100医药网100yiyao.com）

原始出处：Das, S., Bernasconi, E., Koutsokera, A. et al. Nat Commun 12, 2126 (2021). https://doi.org/10.1038/s41467-021-22344-4